میرزای نائینی نسخه‌های «تنبیه‌الامّة» را برای عدم سوءاستفاده‌ی مشروطه‌چی‌های آن زمان جمع‌آوری می‌کرد و شاهد اینکه ایشان از رأیش برنگشته این است که خود نسخه‌ی چاپی را ایشان تصحیح کرده و با قلم خودش کم و زیاد کرده که این نسخه‌ای هم که الان ضمن موسوعه‌ی نائینی منتشر شده، آن نسخه‌ی نهایی است.

تعابیری که در اجازات ایشان هست جایگاه والای ایشان را نشان می‌دهد. مثلاً آیت‌الله شیخ عبدالکریم حائری بر خلاف شیوه معمول خود در تأیید اجازات درباره ایشان به تفصیل بیشتری اجازه را صادر کرده‌اند که همین نشان‌دهنده ارزش خاص این اجازه است.

در اجازه‌ی یادشده آیت‌الله سیدجواد خامنه‌ای با تعابیر و عناوین بلیغی از «مُجاز» یادشده که جایگاه علمی رفیع ایشان را نشان می‌دهد. برخی از این عناوین عبارت‌اند از: «العالم‌العامل»، «الفاضل‌الکامل»، «عمادالعلماء‌الاتقیاء»، «سناد‌الافاضل‌الاذکیاء»، «مروج‌الاحکام» و «ثقة‌الاسلام».