یکی از ویژگیهای دروس تفسیر آیتالله خامنهای استفاده از روش اجتهادی در تفسیر آیات بود که در این روش مفسّر تلاش میکند تا با بهکار بردن نیروی عقل، مقصود و مُراد آیه را دریابد. البتّه ایشان در کنار استفاده از روش تفسیر اجتهادی از روشهای ارزشمند دیگری همچون روش قرآن به قرآن و روش روایی نیز برای کشف مفهوم آیات بهره بردهاند.