حضرت آیت‌الله سیّدمجتبی خامنه‌ای در پیامی، ارتحال مرجع عالی‌قدر، آیت‌الله حاج شیخ اسحاق فیاض را تسلیت گفتند و با تجلیل از خدمات علمی، حوزوی و ارشادی ایشان، این ضایعه را به حوزه علمیه نجف اشرف، مقلّدان و ارادتمندان آن مرجع فقید، ملّت افغانستان و خاندان ایشان تسلیت عرض کردند.
متن پیام رهبر انقلاب اسلامی به شرح زیر است:

بسم الله الرّحمن الرّحیم
انا لله و انا الیه راجعون

خبر ارتحال مرجع عالی‌قدر، آیت‌الله حاج شیخ اسحاق فیاض (طاب ثراه)، موجب تأثر و اندوه فراوان گردید و حوزه‌های علمیه بویژه حوزه مقدّسه نجف اشرف را در سوگ نشاند.

سال‌ها حضور در حوزه مقدّسه نجف اشرف و کسب فیض از محضر بزرگان آن، ‌چون مرحوم آیت‌الله سیدابوالقاسم خویی(ره) و تربیت شاگردان و تألیف کتب و اشراف بر جریان علمی آن حوزه و ارشاد مؤمنین و مقلّدان، تنها بخشی از خدمات وجود این فقیه بود که فراموش نخواهد شد و آثار صالحه آن باقی خواهدماند ان‌شاءالله.

اینجانب این ضایعه مؤلمه را به حوزه نجف اشرف و عموم مقلّدان و ارادتمندان آن مرجع فقید، بویژه به ملّت مقاوم و نستوه افغانستان و خاندان معزّز ایشان، تسلیت عرض نموده و از درگاه خداوند متعال برای آن فقید سعید، علوّ درجات و حشر با اولیای الهی، و برای بازماندگان صبر جمیل و اجر جزیل مسئلت می‌نمایم.

سیّدمجتبی حسینی خامنه‌ای
 ۲۱ خرداد ۱۴۰۵