حضرت آیت‌الله خامنه‌ای: «شهید باکری در آغاز جنگ یک جوان دانشجو است که تازه فارغ‌التّحصیل شده... شما نگاه کنید در عملیّات بیت‌المقدّس، در عملیّات خیبر، قبل آن در عملیّات فتح‌المبین، این جوان یک فرمانده‌ی زبده‌ی نظامی است که میتواند یک لشکر را، در بعضی جاها یک قرارگاه را حرکت بدهد و هدایت کند و کار کند.» ۱۳۹۲/۰۹/۲۵
رسانه KHAMENEI.IR به مناسبت سالگرد شهادت شهید آقامهدی باکری، نماهنگ «اکسیری که باکری را ساخت» را منتشر میکند.