حجت‌الاسلام والمسلمین آقای حاج شیخ محسن مجتهد شبستری در تاریخ ۲۷ آبان ۱۴۰۰ دار فانی را وداع گفت. حضرت آیت‌الله خامنه‌ای در بخشی از پیام تسلیت به مناسبت درگذشت آن «عالم مجاهد» فرمودند: «این عالم بزرگوار از جمله موفقترین روحانیون فعال در خدمات اجتماعی و هدایت عمومی و اداره‌ی حوزه‌های علمیه در تهران و تبریز بودند. تلاشها و زحمات ایشان در دوران طولانی امامت جمعه‌ی تبریز فراموش نشدنی است و آثار ماندگار آن مرحوم در حوزه‌ی علمیه‌ی تهران و غیره موجب جلب رحمت الهی به ایشان است ان‌شاءالله».

پایگاه اطلاع‌رسانی KHAMENEI.IR به مناسبت هفتمین روز درگذشت این روحانی مجاهد در گفتگویی با حجت‌الاسلام جواد مجتهد شبستری، عضو مجلس خبرگان رهبری و فرزند حجت‌الاسلام والمسلمین محسن مجتهد شبستری به بررسی سوابق علمی و انقلابی آن مرحوم پرداخته است.