در پی ترور نافرجام آیت‌الله سید محمدسعید حکیم پیامی از سوی مقام معظم رهبری خطاب به آیت‌الله حاج سید محمدباقر حکیم انتشار یافت. متن این پیام بدین شرح است:
 

بسم‌الله‌الرّحمن‌الرّحیم

آیت‌الله آقای حاج سید محمدباقر حکیم دامت برکاته

خبر حادثه انفجار در بیت شریف آیت‌الله آقای سید محمدسعید حکیم دامت برکاته اینجانب را به‌شدت متأثر و نگران کرد.

دستهای مجرمی که این حادثه خونین را به وجود آوردند در جهت سیاستهای پلیدی حرکت می کنند که هدفش تضعیف حوزه شامخ نجف اشرف و تهدید مقام رفیع مرجعیت است.

اینگونه اقدامات جنایتکارانه می‌تواند دستاویز اشغالگران عراق برای تحمیل روشهای پلیسی و سرکوبگرانه شود و به ناامنی و اختلافات داخلی در هنگامی که ملت مظلوم عراق بیشترین نیاز را به وحدت کلمه دارد منتهی گردد.

مرتکبان این جنایت اگر مزدوران مستقیم دشمن متجاوز نباشند بی‌شک فریب‌خوردگانی هستند که برخلاف حکم دین و عقل و اخلاق عمل کرده‌اند. اینجانب عقیده راسخ دارم که ملت مؤمن و غیور عراق در پرتو هشیاری و عزم راسخ به فضل الهی بر همه توطئه های دشمنان فائق خواهد آمد و با تمسک به اسلام عزیز و با استمداد از توجهات حضرات ائمه اطهار صلوات‌الله‌علیهم‌اجمعین که عراق مشرف به مرقد مطهره‌ی آنان است پرچم اسلام و استقلال و آزادی خود را برفراز آن کشور به اهتزاز خواهد آورد انشاءالله.

سربلندی اسلام و مسلمین و توفیقات جنابعالی را از خداوند مسئلت می‌کنم.

والسلام علیکم و رحمت اله و برکاته
سید علی خامنه‌ای          
۱۳۸۲/۶/۲