حضرت آیت‌الله خامنه‌ای، رهبر معظم انقلاب اسلامی روز 28 اسفند 78 در نامه‌ای خطاب به رئیس جمهور، با ابراز نگرانی از آینده‌ی امنیت کشور، ضمن اشاره به روند کند پیگیری پرونده قتلهای زنجیره‌ای، بر رسیدگی جدی به پرونده‌ی اتفاقات اخیر، در مدت معینی تأکید فرمودند.
متن نامه‌ی رهبر انقلاب بدین شرح است:

بسم الله الرحمن الرحیم‌
جناب آقای خاتمی ریاست محترم جمهور و رئیس شورای عالی امنیت ملی‌
با سلام و تحیت حادثه‌ی ترور هفته قبل و برخی قضایای پیرامونی تا امروز، موجب نگرانی اینجانب از آینده‌ی امنیت کشور است و از آن‌رو شایسته است که جنابعالی به دستگاههای مسؤول همچون وزارتهای اطلاعات و کشور و شورای امنیت کشور دستور فرمائید با سرعت و جدیت بیشتری در جستجوی کشف و تعقیب عوامل جنایت باشند.
بیم آن هست که این قضیه نیز مانند پرونده‌ی قتلهای زنجیره‌‌ایی دامنه‌دار و تبدیل به موضوعی مبهم و شایعه‌انگیز گردد.
در موضوع قتلها با این که جنابعالی هیئتهایی را پی‌در‌پی مسؤول پیگیری کردید، تمام نشدن موضوع، موجب بروز شایعات و ایجاد فضای تردید و ابهام شد، در این قضیه نیز مشاهده می‌شود که متأسفانه برخی زبانها و قلمها بشدت سرگرم التهاب‌آفرینی و شایعه پردازی‌اند . بی‌تعهدی را به آنجا رسانده‌اند که علاوه بر نام آوردن از افراد و اشخاص، با اتهامهای بی‌دلیل، حتی سازمانهای مسؤول و مورد اعتماد و حتی سپاه و بسیج یعنی مطمئن‌ترین حافظ امنیت ملی را زیر سؤال برده‌اند.
در چنین فضای آشفته‌ا‌یی کدام دستگاه قضایی و امنیت می‌تواند با دقت و تسلط بر اعصاب ، به مسؤولیت خود قیام کند؟ این جوسازی و غوغاگری موجب آن است که عناصر جنایتکار با خیال راحت بتوانند از چشم قانون پنهان بمانند و به همین خاطر اینجانب نسبت به اظهارات کسانی که به این جو دامن می‌زنند خوشبین نیستم.
شایسته است مسؤولان یاد شده را موظف فرمائید که در مدت معینی به نتیجه‌ی قانع‌کننده‌‌ایی در پرونده‌ی حادثه برسند، در این صورت نگرانی و دغدغه‌ی اینجانب کاهش خواهد یافت.
والسلام علیکم و رحمة‌الله‌
سید علی خامنه‌ای‌
28 اسفند 78