حضرت آیت‌الله خامنه‌ای: «اگر کسى ادعا کند که امام باقر یکى از سنگین‌ترین بارهاى جهاد اسلامى را در مدت امامتش بر دوش داشت، ادعاى گزافى نکرده است. امام باقر در دورانى بار مسؤولیت را بر دوش مى‌گرفت که عالم اسلام در زیر بار سنگین حکومت طاغوت یعنى خلفاى جبّار مروانى کمر خم کرده بود.
لازم بود که جامعه‌ى اسلام و مخصوصاً مبارزان و کسانى که دلشان در هواى حکومت اسلامى مى‌تپید، سازماندهى و تشکیلات‌دهى کنند...
بدانید که امام باقر در طول این مدت توانست وضع را به جایى برساند که شیعه‌ى فداکارِ با اخلاص بعد از رحلت امام باقر انتظار آن را داشت که در طول چند سال کوتاه، حکومت اسلامى و علوى سر کار بیاید.» ۱۳۵۹/۰۷/۲۵