آیت‌الله محمدتقی مصباح یزدی در تاریخ ۱۳دی ۱۳۹۹دار فانی را وداع گفتند. حضرت آیت‌الله خامنه‌ای در پیام تسلیت در پی درگذشت ایشان ضمن بیان سوگواری خود برای درگذشت این برادر قدیمی و عزیز فرمودند: «ایشان متفکری برجسته، مدیری شایسته، دارای زبان گویائی در اظهار حق و پای با استقامتی در صراط مستقیم بودند. خدمات ایشان در تولید اندیشه‌ی دینی و نگارش کتب راه‌گشا، و در تربیت شاگردان ممتاز و اثرگذار، و در حضور انقلابی در همه‌ی میدانهائی که احساس نیاز به حضور ایشان میشد، حقاً و انصافاً کم‌نظیر است. پارسائی و پرهیزگاری خصلت همیشگی ایشان از دوران جوانی تا آخر عمر بود و توفیق سلوک در طریق معرفت توحیدی، پاداش بزرگ الهی به این مجاهدت بلند مدت است.»
پایگاه اطلاع‌رسانی KHAMENEI.IR برای آشنایی بیشتر با ابعاد شخصیتی آیت‌الله مصباح یزدی، گفت‌وگویی با حجت‌الاسلام‌والمسلمین محمود رجبی، قائم مقام موسسه آموزشی پژوهشی امام خمینی رحمه‌الله‌علیه و از شاگردان ایشان انجام داده است.