حضرت آیت‌الله خامنه‌ای رهبر انقلاب اسلامی طی پیامی رحلت عالم ربانی آیت‌الله حاج شیخ محمدابراهیم اعرافی امام جمعه شهرستان میبد را به جامعه علمی و روحانی استان یزد و بازماندگان آن مرحوم تسلیت گفتند.
متن پیام مقام معظم رهبری به شرح زیراست:

بسمه تعالی
رحلت عالم ربانی آیةالله حاج شیخ محمد ابراهیم اعرافی را که ازعلمای برجسته و مبارز استان یزد بودند به حضرت ولی عصر(عج) ارواحنا فداه و به جامعه علمی و روحانی آن استان و به دوستان و علاقمندان آن مرحوم و بالخصوص فرزندان و خانواده ایشان تسلیت عرض میکنم. این عالم جلیل در شمار افراد نادری بود که ازسالها پیش روح مجاهدت و مبارزه در راه خدا و عدم تسلیم در مقابل ظلم و سلطه طاغوتی را در بیان و عمل خود آشکار ساخته بود و در دوران اختناق، یکی از چهره های مبارزان استان بشمار میرفت. تلاش خستگی ناپذیر ایشان در اوان مبارزات عمومی مردم، باتشکیل اجتماعات و حرکت به یزد و سپس در آغاز پیروزی با رهبری فعالانه مردم میبد، از جمله برگهای نادر کتاب قطور انقلاب است.
خداوند متعال روح این بزرگوار را بااولیائش محشور کند و ایشان را از اجر و ثواب مجاهدات خود برخوردار سازد.
سیدعلی خامنه‌ای