حضرت آیت‌الله خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی امروز در دیدار مسؤولان نهاد نمایندگی ولی‌فقیه در دانشگاهها تأکید کردند اسلامی کردن دانشگاهها مسأله‌ای بسیار مهم و دارای ابعاد گوناگون است و آینده کشور و انقلاب نیز به آن وابسته است.
مقام معظم رهبری در تبیین ویژگیهای دانشگاه اسلامی افزودند: در محیط اسلامی عالیترین سطوح کیفی علم و دانش، تازه‌ترین پدیده‌های علمی و گسترده‌ترین و موفقترین تلاشهای علمی همراه با روشن‌ترین جلوه‌های اخلاق دینی و ایمان اسلامی وجود دارند و برای تحقق هدفی چنین عظیم باید ضمن برنامه‌ریزی کوتاه مدت و بلندمدت، و همراهی این دو، کارهای عمیق، اساسی و واقعی را انجام داد.
حضرت آیت‌الله خامنه‌ای با تأکید بر لزوم پرهیز از سطحی نگری در برخورد با مسأله اسلامی کردن دانشگاهها، به برخی برداشتهای سطحی و اشتباه اشاره کردند و افزودند: اینگونه کارها منحرف کردن مسأله از مسیر حقیقی و ظلم به هدف عالی اسلامی کردن دانشگاههاست، آینده این کشور و این انقلاب، به اسلامی کردن دانشگاهها وابسته است و هنوز پیشرفت محسوسی در این زمینه نبوده است.
رهبر معظم انقلاب اسلامی با اشاره به تلاشهایی که در سالهای پس از پیروزی انقلاب اسلامی برای بهبود وضع دانشگاهها صورت گرفته افزودند: اسلامی کردن دانشگاهها امروز نیاز به تلاش جدی دارد و در این زمینه علاوه بر مسؤولان علاقه‌مند وزارتخانه‌های آموزش عالی و آموزش پزشکی شأن مسؤولان دفاتر نمایندگی بسیار والاست. البته بارها گفته‌ایم که حوزه علمیه باید در کار اسلامی کردن دانشگاهها کمک کند و سهمی برعهده گیرد، اما بخش عمده این سهم، مربوط به شما آقایان روحانی است که با دانشگاهها آشنایی و ارتباط دارید که می‌توانید برای تحقق این امر مهم از بهترین و نزدیکترین و مهم‌ترین روش استفاده کنید.
مقام معظم رهبری با اشاره به لزوم استفاده از شیوه‌های مناسب برای اسلامی کردن دانشگاهها فرمودند: ملاک و معیار برای حضور در مدیریتهای فرهنگی و دانشگاهی باید این باشد که کار را به بهترین وجه انجام بدهند چون کار اسلامی آن است که کار علمی قوی ، داخل در آن باشد و کار علمی ضعیف، اسلامی نیست. این علم باید بتواند امروز و فردای کشور را تأمین کند، باید بهترین علوم که یک کشور و یک ملت را به خودکفایی علمی و عملی می‌رساند، تحصیل بشود.
حضرت آیت‌الله خامنه‌ای با قدردانی از آیت‌الله جنتی و حجت‌الاسلام والمسلمین صدر و دیگر مسؤولان نهاد نمایندگی ولی‌فقیه در دانشگاهها افزودند: حضور این نهاد را در دانشگاهها کاملا ضروری و واجب می‌دانم و بر حضور این نهاد، اصرار می‌ورزم و بر تصویب مقرراتی که دست این نهاد را به قدر اختیاراتی که لازم دارد، باز بگذارد؛ تأکید می‌کنم و این کار به عهده شورای عالی انقلاب فرهنگی و بقیه دستگاههای ذیربط است که آنچه نشده است، انجام بگیرد و این حرکت به طور وسیع‌تر ادامه یابد.
حضرت آیت‌الله خامنه‌ای هدف اصلی از حضور روحانیان در دانشگاهها را تبیین علمی دین و انتقال عملی ارزشها و رفتار اسلامی خواندند و افزودند: روحانیت، دانش دین و معارف اسلامی را در دانشگاهها بصورت قوی، منطقی و کاملا مستدل و قابل ارائه و متناسب با سطح فهم دانشگاهیان مطرح می‌کنند اما مهمتر از آن تأثیر رفتار و عملکرد روحانیون در تقویت ایمان مذهبی دانشگاهیان است زیرا علمای دین همواره مشعل راهگشایی بوده‌اند که مردم را بارفتار، روش زندگی و شیوه برخورد با مسائل، به دین دعوت کرده‌اند. مقام معظم رهبری فلسفه حضور روحانیت در دانشگاهها را ضرورت ثمربخشی این مراکز علمی توصیف کردند و افزودند: این حضور به معنای دخالت در امور اجرایی و مدیریتها نیست. بعضی این گونه تعبیر نکنند که روحانیون می‌خواهند به دانشگاه، دست‌اندازی کنند. دانشگاهها برای خود، مدیریت، سیاست‌گذار و کارگزارانی دارد که هر یک کار خود را انجام می‌دهند. علما و روحانیون هم در چارچوب وظایف و مقررات مربوطه، فعالیت خواهند کرد و در صورتی که حضور آنان همراه با اجازه و میدان کار نباشد حضور لغو و بیهوده‌ای است.
حضرت آیت‌الله خامنه‌ای همچنین تصریح کردند جوان به مقتضای دوره جوانی نیازمند آن است که خود را در پناه یک روح بزرگ و نیکخواه، فکر بلند و نفس مهربان و صبور قرار دهد و روحانیان در دانشگاهها می‌توانند با همدلی و راهنمایی و طبابت روحی و معنوی این نیاز جوانان را برآورده سازند و ملجأ و پناه روحی آنها قرار گیرند.
در این دیدار قبل از سخنان مقام معظم رهبری آیت‌الله جنتی رئیس شورای نمایندگان مقام معظم رهبری در دانشگاهها و حجت‌الاسلام والمسلمین صدر رئیس نهاد نمایندگی ولی‌فقیه در دانشگاهها در گزارشهای کوتاهی، برنامه‌ریزیهای کوتاه مدت، میان مدت و دراز مدت را برای تحقق هدف اسلامی کردن دانشگاهها برشمردند و خواستار رهنمودهای رهبر معظم انقلاب اسلامی در این زمینه شدند.