حضرت آیت‌الله خامنه‌ای، رهبر معظم انقلاب اسلامی در نخستین دقایق آغاز رأی‌گیری مرحله‌ی دوم انتخابات ریاست‌جمهوری، با حضور در محل صندوق سیار ۶۶۷ در حسینیه‌ی امام خمینی رحمه‌الله، رأی خود را به صندوق انداختند.
ایشان پس از انداختن رأی خود به صندوق، در مصاحبه با خبرنگار واحد مرکزی خبر، حضور مردم در پای صندوق‌های رأی در جمعه‌ی گذشته را حضوری شورانگیز خواندند و اظهار امیدواری کردند که ملت ایران امروز نیز با حضور گسترده‌ی خود در پای صندوق‌های رأی، حماسه‌ی پرشور دیگری را بیافریند.
مقام معظم رهبری با تأکید بر لزوم حضور همه‌ی واجدان شرایط در انتخابات و از‌دست‌ندادن وقت رأی‌دادن، خاطرنشان کردند: مردم در اولین فرصت در شعبه‌های اخذ رأی حاضر شوند و رأی خود را برای ساعات آخر نگذارند.
حضرت آیت‌الله خامنه‌ای ملت ایران را پیروزِ انتخابات جمعه‌ی گذشته که حدود ۳۰ میلیون نفر در آن شرکت کردند، دانستند و افزودند: افتخار حضور ۳۰ میلیونی با هیچ ترفندی از بین نخواهد رفت، اما حضور گسترده‌ی مردم در انتخابات امروز، پشتوانه‌ی مردمی رئیس‌جمهور منتخب را برای پیشبرد هدف‌های ملت و عزت کشور، قوی‌تر خواهد کرد.
رهبر معظم انقلاب اسلامی، متانت مردم در انتخابات جمعه‌ی گذشته را تحسین‌برانگیز خواندند و با تأکید بر لزوم ادامه‌ی این روش در انتخابات امروز، خاطرنشان کردند: مهم‌ترین نیاز کشور در شرایط کنونی آرامش می‌باشد و طرفداران دو نامزد نباید حرکت و عملی انجام دهند که فضای متانت انتخابات خدشه‌دار شود.
ایشان با اشاره به اعلام رسمی رئیس‌جمهور، وزارت کشور و شورای نگهبان در خصوص سلامت انتخابات هفته‌ی گذشته تصریح کردند: از دست‌اندرکاران انتخابات مؤکداً می‌خواهم امروز نیز از آراء مردم صیانت نمایند و بدون هیچ‌گونه جانب‌داری، ضمن اخذ رأی مردم، آن را اعلام کنند.
حضرت آیت‌الله خامنه‌ای با تأکید بر این‌که هیچ‌کس از رأی ایشان در جمعه‌ی گذشته مطلع نشد، افزودند: در این انتخابات نیز هیچ فردی از رأی رهبری مطلع نخواهد شد و وظیفه‌ی رهبری بیان معیارها و تأکید بر حضور مردم در انتخابات است.
ایشان تصریح کردند: هر فردی که امروز با رأی مردم به عنوان رئیس‌جمهور انتخاب شود، رئیس‌جمهور همه است و باید ضمن احترام به رئیس‌جمهور منتخب، او را در انجام کارها کمک و یاری کنند.
مقام معظم رهبری در پایان با قدردانی از عملکرد صداوسیما در نهمین دوره‌ی انتخابات ریاست‌جمهوری تأکید کردند: در این مدت صداوسیما و دستگاه‌های خبری انصافاً خیلی خوب کار کردند.