مسئله حضور نمایندگان روحانی در دانشگاه ها که اخیرا تصمیم گیری در باره آن از سوی حضرت امام مدظله به شورایعالی انقلاب فرهنگی ارجاع شده است در این شورا مطرح شد و مورد بحث و بررسی قرار گرفت در نهایت مقرر گشت: از آنجا که حضور روحانیون صالح دردانشگاه ها از نظر شورایعالی انقلاب فرهنگی، کاملا مفید و... تلقی می گردد لذا ازآقایان: آیةاله جنتی، آیةاله محمدی گیلانی و آیةاله محفوظی اعضای شورای مرکزی نمایندگان روحانی، درخواست شد که فعالیتهای جاری روحانیون مستقر در دانشگاه های کشور تا آخر سال تحصیلی ادامه یابد و در این مدت شورایعالی با بررسی اهم جوانب و مشورت با مجموعه های ذیربط، شرح وظایف و حدود اختیارات و کیفیت حضور روحانیون در دانشگاه رامشخص و مصوب نماید.