حضرت آیت‌الله خامنه‌ای پس از دریافت نظر دو هیئت فقهی و حقوقی (که معظم‌له آن دو هیئت را برای بررسی دقیق و مستند وقف اموال دانشگاه آزاد اسلامی مأمور کرده بودند)، نتیجه‌ی این بررسی را به عنوان نظر قطعی درباره وقف اموال دانشگاه مزبور به رئیس هیئت موسس دانشگاه آزاد اسلامی و رئیس شورایعالی انقلاب فرهنگی ابلاغ فرمودند.
متن این ابلاغیه که از سوی دفتر رهبری برای آقایان هاشمی رفسنجانی و احمدی‌نژاد ارسال شد، به این شرح است:

بسم‌الله الرحمن الرحیم

در پی مأموریت به دو هیئت فقهی و حقوقی برای بررسی عمیق و همه‌جانبه درباره‌ی‌ وقف اموال دانشگاه آزاد اسلامی، مجموعه‌ی بحث‌ها و تدقیق در ادلْه‌ی مختلف، به این نتیجه‌ی قطعی منتهی شد که وقف مزبور دارای اشکالات اساسیِ فقهی و حقوقی است از جمله هم به لحاظ مشروعیت وقف اموال مزبور و هم از جهت صلاحیت هیئت محترم موسس در انشای این وقف. همچنان که مشکل اساسی تحقق قبول مقام ذیصلاح نیز مطرح است، بنابراین وقف مزبور از لحاظ فقهی و حقوقی صحیح نیست.

ضمناً با توجه به ماهیت غیرخصوصی و غیردولتی دانشگاه آزاد اسلامی، لازم است بندهای ۵ و ۱۰ مصوبه‌ی جدید شورایعالی انقلاب فرهنگی در مورد اساسنامه‌ی آن دانشگاه مورد بررسی مجدد قرار گرفته و اصلاح شود.

مراتب به جناب آقای هاشمی رفسنجانی ریاست محترم هیئت موسس دانشگاه و دکتر احمدی نژاد ریاست محترم شورایعالی انقلاب فرهنگی ابلاغ گردد.

سیدعلی خامنه‌ای
۸۹/۷/۱۸