در پی ارتحال عالم ربانی حضرت آیت‌الله بهجت، رهبر انقلاب اسلامی در پیامی فقدان این فقیه عالی‌قدر و عارف روشن ضمیر را ضایعه‌ای جبران‌ناپذیر خواندند و این مصیبت سنگین را به حضرت بقیةالله ارواحنا فداه، علما و مراجع عظام، خاندان و همه‌ی ارادتمندان آن بزرگوار تسلیت گفتند.
متن پیام به این شرح است:

بسم الله الرحمن الرحیم
انالله و انا الیه راجعون
با دریغ و افسوس فراوان خبر یافتیم که عالم ربانی، فقیه عالیقدر و عارف روشن ضمیر حضرت آیت‌الله آقای حاج شیخ محمدتقی بهجت قدس‌الله‌نفسه‌الزکیه دار فانی را وداع گفته و به جوار رحمت حق پیوسته است.
برای اینجانب و همه‌ی ارادتمندان آن مرد بزرگ، این مصیبتی سنگین و ضایعه‌ای جبران ناپذیر است: ثلم فی‌الاسلام ثلمه لا یسد‌ها شیء. آن بزرگوار که از برجستگان مراجع تقلید معاصر به شمار می‌رفتند، معلم بزرگ اخلاق و عرفان و سرچشمه‌ی فیوضات معنوی بی‌پایان نیز بودند. دل نورانی و مصفای آن پارسای پرهیزگار، آیینه‌ی روشن و صیقل یافته‌ی الهام الهی، و کلام معطر او راهنمای اندیشه و عمل رهجویان و سالکان بود.
اینجانب تسلیت صمیمانه‌ی خود را به پیشگاه حضرت بقیةالله ارواحنا فداه تقدیم می‌دارم و به حضرات علمای اعلام و مراجع عظام و شاگردان و ارادتمندان و مستفیضان از نَفَس گرم او و بویژه به خاندان مکرّم و آقازادگان ارجمند ایشان تسلیت عرض می‌کنم و برای خود و دیگر داغداران از خداوند متعال درخواست تسلا و برای روح مطهر آن بزرگوار طلب رحمت و مغفرت می‌کنم.

والسلام علیه و رحمه الله
سیدعلی خامنه‌ای
۲۷ اردیبهشت ۱۳۸۸
۲۲ جمادی الاول ۱۴۳۰