در پی ارتحال عالم جلیل‌القدر و فقیه اهل‌بیت آیت‌الله العظمی سید شهاب‌الدین مرعشی نجفی رضوان‌الله‌علیه پیام تسلیتی از سوی حضرت آیت‌الله خامنه‌ای رهبر انقلاب اسلامی منتشر شد.
متن پیام به این شرح است:
 

بسمه‌‌تعالی‌

انا لله‌ و انا الیه راجعون‌

ارتحال‌ عالم‌ جلیل‌القدر و فقیه‌ اهل‌بیت ‌علیهم‌السلام ‌آیت ‌الله ‌العظمی‌ سید شهاب‌الدین‌ مرعشی‌ نجفی رضوان‌الله‌علیه‌ را به‌ حضرت ‌ولی‌ عصر ارواحنا فداه‌ و جهان‌ تشیع‌، مخصوصاً مراجع‌ عظام‌ و علمای‌ اعلام‌ و حوزه‌های‌ علمیه‌ و بالاخص‌ خانواده‌ی‌ محترم‌ ایشان‌ تسلیت‌ می‌گویم‌.

آن ‌بزرگوار یکی‌ از اساطین‌ حوزه‌ی‌ علمیه‌ و از ارکان‌ علمی‌ و عملی‌ آن‌ محسوب ‌می‌شدند و عمر بابرکت‌ خود را به‌ تعلیم‌ و تدریس‌ و تربیت‌ و تزکیه‌ مصروف‌ نمودند.

فقدان‌ این‌ عالم‌ جلیل‌ حقاً ضایعه‌یی‌ بزرگ‌ است‌. از خداوند متعال علو درجات‌ آن‌ حضرت‌ را مسألت‌ نموده‌ و ملت‌ عزیز را به‌ تجلیل‌ از مقام‌ شامخ ‌ایشان‌ در سراسر کشور دعوت‌ می‌کنم‌.
 

سید علی‌ خامنه‌ای‌

همچنین به همین مناسبت از طرف مقام معظم رهبری تلگرام تسلیتی به حضرات آیات عظام گلپایگانی و اراکی ارسال شد. و همچنین حجت‌الاسلام والمسلمین محمدی گلپایگانی به نمایندگی از طرف مقام معظم رهبری جهت ابراز مراتب تسلیت معظم‌له به بازماندگان آن عالم جلیل‌القدر به قم عزیمت کردند.