در پی‌ درگذشت‌ مرحوم‌ مهندس بازرگان، حضرت‌ آیت‌الله‌ خامنه‌ای‌ رهبر معظم‌ انقلاب‌ اسلامی‌ پیام‌ تسلیتی‌ صادر فرمودند. متن‌ این‌ پیام‌ بدین‌ شرح‌ است‌:

بسمه‌تعالى

جناب آقاى دکتر یدالله سحابى

درگذشت مرحوم آقاى مهندس مهدى بازرگان را به جناب‌عالى و خانواده‌ى محترم آن مرحوم تسلیت مى‌گویم. ایشان یکى از مبارزان دیرین با رژیم ستمشاهى و نیز از جمله‌ى پیشروان ترویج و تبیین اندیشه‌هاى ناب اسلامى با زبان و منطق و شیوه‌ى نوین بود و از این رهگذر بى‌شک در چشم همه‌ى علاقه‌مندان به گسترش و رواج ایمان اسلامى در میان طبقات تحصیل‌کرده در دوران خفقان و دین‌زدایى رژیم پهلوى، داراى شأن و ارزش بخصوص بود.
خداوند ایشان را مشمول رحمت و مغفرت و فضل خود قرار دهد و به تلاشهاى ایشان با چشم رضا و قبول بنگرد.

لطفاً مراتب تسلیت این‌جانب را به همسر و فرزندان محترم ایشان ابلاغ فرمایید.

سیّد على خامنه‌اى

۷۳/۱۱/۵