حضرت آیت‌الله خامنه‌ای، رهبر معظم انقلاب در نامه‌ای خطاب به رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام، پاسخ خود درباره نظر مشورتی و پیشنهادهای آن مجمع را اعلام فرمودند.
در پی دست‌ نیافتن‌ مجلس‌ شورای اسلامی و قوه‌‌ی قضاییه‌ به‌ توافق‌ لازم‌ در مورد انتخاب‌ دو نفر عضو حقوقدان‌ شورای نگهبان و ایجاد شبهه‌ی قانونی در رسمیت مجلس شورای اسلامی، رهبر معظم‌ انقلاب، طی نامه‌ای به‌ رییس مجمع‌ تشخیص‌ مصلحت‌ نظام‌ نظر مشورتی این‌ مجمع‌ برای تصمیم‌گیری نهایی را در این‌باره جویا شده بودند. ایشان پس از دریافت این نظر مشورتی، طی نامه‌ای، راه حل مشکل را به مجلس شورای اسلامی، شورای نگهبان و قوه‌ی قضائیه ابلاغ نمودند. متن نامه به این شرح است:

بسم الله الرحمن الرحیم
مصوبه پیشنهادی مجمع محترم تشخیص مصلحت نظام را با ترجیح «قید تا اعلان نظریه تفسیری شورای نگهبان در بند ۲» تأیید می‌کنم و جهت اجرا آن را به مجلس محترم مجلس شورای اسلامی و شورای محترم نگهبان و قوه قضائیه ابلاغ می‌نمایم. امیدوارم در اسرع وقت پس از معرفی حقوقدانان از سوی رئیس محترم قوه قضائیه، مجلس محترم شورای اسلامی با تشکیل جلسه و انتخاب دو نفر نماینده باقیمانده از حقوقدانان شورای نگهبان، هر چه زودتر به برگزاری مراسم تحلیف همت گمارد.
در پایان از زحمات رئیس و اعضای محترم مجمع تشخیص مصلحت نظام که با سرعت عمل و دقت خود به حل این معضل اهتمام ورزیده اند سپاسگزاری می‌نمایم.
سید علی خامنه ای
۱۵ مردادماه ۱۳۸۰

متن نامه‌ی رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام برای اعلام نظر مشورتی به این شرح است:

محضر مبارک رهبر معظم انقلاب اسلامی، حضرت آیت‌الله خامنه ای "دامت برکاته"
عطف به دستور شماره ۱۴۳۱/۱ مورخ ۸۰/۵/۱۴ مبنی بر ارائه نظر مشورتی در حل معضل انتخاب حقوقدانان شورای محترم نگهبان به استحضار می‌رساند: در اجرای بند ۸ اصل ۱۱۰ قانون اساسی مجمع تشخیص مصلحت نظام در تاریخ ۸۰/۵/۱۵ تشکیل جلسه داد. پس از بررسی تفصیلی معضل پیش‌آمده، دو راه حل مشخص و کلی به شرح ذیل وجود داشت:
الف- با نسبی کردن اکثریت آراء بجای اکثریت مطلق، انتخاب حقوقدانان شورای نگهبان حل می‌شود.
ب- با اعلان رسمی بودن شورای نگهبان با وجود سه‌چهارم اعضاء مشکلی برای تحلیف ریاست‌جمهوری و اعتبار مجلس باقی نمی‌ماند اما مشکل انتخاب دو حقوقدان شورای نگهبان حل‌نشده باقی خواهد ماند. پس از بررسی همه‌جانبه و استماع همه‌ی نظرات، مجمع تشخیص مصلحت نظام سه بند زیر را برای تقدیم به محضر مقام معظم رهبری، جهت تصمیم‌گیری نهایی، تصویب کرد:
۱- تا زمان برسی مجدد و اصلاح آیین‌نامه‌ی مربوط به انتخاب حقوقدانان شورای نگهبان، در اولین جلسه مجلس شورای اسلامی، بر اساس اسامی پیشنهادی ریاست محترم قوه قضائیه، بار دیگر رای‌گیری به عمل آید و در صورت عدم حصول اکثریت مطلق در همان جلسه مجددا رای‌گیری شده و در مرتبه دوم، اکثریت نسبی برای انتخاب حقوقدانان ملاک خواهد بود.
۲- شورای نگهبان با وجود اکثریت سه‌چهارم اعضاء رسمیت دارد (البته پیشنهاد جمعی دیگر از اعضاء مجمع اضافه کردن قید "تا اعلان نظریه تفسیری شورای نگهبان" بر ابتدای این بند بود و نظر دیگری نیز برخی از اعضاء داشتند که به جای سه‌چهارم، پنج ششم اعضاء شورای نگهبان مبنا قرار گیرد. ولی از انجایی که پیشنهاد اول رای آورد، در مورد دو پیشنهاد دیگر رای‌گیری به عمل نیامد.)
۳- با توجه به دو بند فوق و پس از انتخاب دو عضو حقوقدان شورای نگهبان در اولین فرصت ممکن مراسم تحلیف رئیس‌جمهور انجام پذیرد.