در پی درگذشت محقق و نویسنده‌ی عالی‌قدر مرحوم آیت‌الله حاج سید مرتضی عسکری، حضرت آیت‌الله خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی پیام تسلیت صادر کردند. متن پیام به این شرح است:
 

بسم الله الرحمن الرحیم

درگذشت محقق و نویسنده‌ی عالی‌قدر مرحوم آیت‌الله آقای حاج سیّد مرتضی عسکری (رحمةالله‌علیه) را به علمای اعلام و حوزه‌های علمیّه و شاگردان و ارادتمندان و به‌طور ویژه به خاندان مکرّم و فرزندان محترم ایشان تسلیت میگویم.

این عالم بزرگوار و سخت‌کوش ده‌ها سال از عمر بابرکت خود را در راه پژوهش در کلام و تاریخ و حدیث صرف کرد و محصول مبارک آن، تألیفات و مقالاتی است که در گستره‌ی جهان اسلام با استقبال و تحسین روبه‌رو شد و در ترویج مکتب اهل‌بیت (علیهم‌السلام) موفّقیّتهای ارزشمندی به دست آورده است.

رحمت خدا بر آن دانشمند بلندهمّت و پرتلاش و خستگی‌ناپذیر.

والسلام علیه و رحمة الله
سیّدعلی خامنه‌ای    
۲۷ شهریورماه ۱۳۸۶