در پی درگذشت عالم بزرگوار مرحوم آیت‌الله آقای حاج سیّد محمّد باقر شیرازی، رهبر انقلاب اسلامی با صدور پیامی، رحلت این عالم ربانی را تسلیت گفتند.
متن پیام به شرح زیر است:

بسمه تعالی
درگذشت عالم بزرگوار مرحوم آیت الله آقای حاج سیّد محمّد باقر شیرازی رحمة الله علیه را به فرزندان و خاندان محترم و دوستان و ارادتمندان ایشان تسلیت میگویم و رحمت و مغفرت الهی را برای آن مرحوم و والد مجاهدشان مرحوم حضرت آیت الله آقای حاج سیّد عبدالله شیرازی اعلی الله مقامه مسألت میکنم.
سید علی خامنه ای
۲۴ اردیبهشت ۱۳۹۳