حضرت آیت الله خامنه ای رهبر معظم انقلاب اسلامی در پیامی درگذشت مرحوم فخرالدین حجازی را تسلیت گفتند. متن پیام به این شرح است:
بسم‌ الله الرحمن الرحیم

درگذشت خطیب گرانمایه و چهره‌ی سرشناس فرهنگی و سیاسی مرحوم آقای فخرالدین حجازی را به خاندان مکرم و بازماندگان و همه‌ی دوستان و علاقمندان ایشان تسلیت عرض می‌کنم.

آن مرحوم در طول سالیان متمادی، چه در دوران اختناق و چه پس از پیروزی انقلاب اسلامی از جمله‌ی سخنوران موفقی بود که با بیان گرم و پراحساس خویش دل‌های بیشماری را مجذوب حقایق دین و معارف اسلامی می‌ساخت، به ویژه در دوران دفاع مقدس، حضور ایشان در عرصه‌های مختلف گرمابخش فضای حماسی آن دوران و مایه‌ی شور و شوق جوانان این مرز و بوم بود.

از خداوند متعال مغفرت و رحمت واسعه‌اش را برای آن مرحوم مسئلت می‌کنم و برای بازماندگان ایشان صبر و اجر جزیل آرزو می‌نمایم.

سیدعلی خامنه‌ای
30/اردیبهشت/1386