حضرت آیت‌الله خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی طی حکمی حجت‌الاسلام محمدیان را به ریاست نهاد نمایندگی در دانشگاه‌ها منصوب کردند. این انتصاب پیرو نامه‌ی آیت‌الله جنتی رئیس شورای نمایندگان مقام معظم رهبری در دانشگاه‌ها انجام گرفت. آیت‌الله جنتی در نامه‌ی خود استعفای حجة‌الاسلام‌والمسلمین آقای محسن قمی را از مسئولیت نهاد نمایندگی ولی‌فقیه به استحضار مقام معظم رهبری رسانده و حجةالاسلام والمسلمین آقای محمد محمدیان را جهت تصدی این مسئولیت پیشنهاد نموده بود.
متن حکم حضرت آیت الله خامنه ای به شرح زیر است:
 

بسم الله الرّحمن الرّحیم

با تشکّر فراوان از خدمات ارزشمند جناب آقای قمی (دامت توفیقاته) در دوران این مسئولیّت، پیشنهاد جنابعالی درباره‌ی انتصاب جناب حجة‌الاسلام محمدیان را با خوشوقتی میپذیرم و ایشان را که بحمدالله حائز مراتب علم و تقوا و سلامت نفس میباشند به ریاست نهاد نمایندگی در دانشگاه‌ها منصوب میکنم. امید است با درایت و تیزبینی و تلاش بی‌وقفه حرکت مبارکی را که در محیط ارزشمند دانشگاهی کشور پدید آمده است اعتلاء و رشد بیش از پیش ببخشند.

والسلام علیکم جمیعاً و رحمةالله
سیّدعلی خامنه‌ای        
۸۴/۱۰/۲۰              

متن نامه‌ی آیت‌الله جنتی به این شرح است:

بسم الله الرحمن الرحیم

محضر مبارک حضرت آیت الله خامنه ای مدظله العالی
رهبر معظم انقلاب اسلامی
سلام علیکم
احتراماً با توجه به استعفای جناب حجه الاسلام والمسلمین آقای محسن قمی از مسؤولیت نهاد نمایندگی مقام معظم رهبری در دانشگاهها، این شورا بر اساس وظیفه مصرح در اساسنامه نهاد بدینوسیله ضمن تقدیر و تشکر از تلاش مداوم و خدمات صادقانهء موفقیت‌آمیز ایشان، جناب حجه الاسلام والمسلمین آقای محمد محمدیان را که از خانواده معظم شهدا و از فضلاء ارزشمند حوزه علمیه قم بوده و از سابقه طولانی ارتباط با دانشگاه و نیز انجام فعالیتهای موفق فرهنگی و تربیتی در نهاد برخوردارند، برای تصدی این مسؤولیت پیشنهاد می نماید.
دوام عمر با عزت حضرتعالی را از خداوند متعال خواستارم.

رئیس شورای نمایندگان مقام معظم رهبری در دانشگاه‌ها
احمد جنتی                        

همچنین حجةالاسلام‌والمسلمین جناب آقای محسن قمی از سوی رهبر معظم انقلاب به عضویت شورای عالی انقلاب فرهنگی و عضویت شورای نمایندگان رهبری در دانشگاه‌ها نیز منصوب شدند.