در پی‌ ارتحال‌ عالم‌ جلیل‌القدر آیت‌الله‌ آقای‌ حاج‌ میرزا علی‌ احمدی‌ میانجی‌، پیام‌ تسلیتی‌ از سوی‌ حضرت‌ آیت‌الله‌ خامنه‌ای‌ رهبر معظم‌ انقلاب‌ اسلامی‌ صادر شد. متن‌ پیام‌ تسلیت‌ رهبر معظم انقلاب بدین‌ شرح‌ است‌:

بسم‌ الله‌ الرحمن‌ الرحیم‌
با تأسف‌ فراوان‌ اطلاع‌ یافتم‌ که‌ عالم‌ جلیل‌القدر و فقیه‌ اخلاقی‌ و پارسا و پرهیزکار آیت‌الله‌ آقای‌ حاج‌ میرزا علی‌ احمدی‌ میانجی‌ دنیا را بدرود گفته‌ و حوزه‌ی‌ علمیه‌ی‌ قم‌ به‌ فقدان‌ این‌ استاد وارسته‌ و با فضیلت‌، دچار گشته‌ است‌. ایشان‌ در شمار عالمان‌ و برگزیدگان‌ بودند که‌ علم‌ را با عمل‌، و تقوا را با جهاد، و فقاهت‌ را با تبلیغ‌ دین‌، و برجستگی‌ رتبه‌ دانش‌ و تحقیق‌ را با کمال‌ فروتنی‌ و زهد و کم‌توقعی‌ در هم‌ آمیخته‌ و در عرصه‌ی‌ دین‌ و معنویت‌ همچون‌ میدان‌ حضور و نشاط انقلابی‌، از پیشروان‌ و گوی‌ سبقت‌ ربودگان‌ بودند.
آزمون‌ شهادت‌ فرزند همچون‌ دیگر محنتهای‌ دوران‌ مبارزه‌ی‌ علمی‌ و جهاد سیاسی‌، بر صبر و صفا و وارستگی‌ این‌ مرد بزرگ‌ افزوده‌ و اسوه‌یی‌ برای‌ فضلای‌ جوان‌ و شاگردان‌ و ارادتمندان‌ ایشان‌ پدید آورده‌ بود. فقدان‌ خسارتبار این‌ روحانی‌ عالی‌ مقام‌ را به‌ حضرت‌ بقیةالله‌ روحی‌ فداه‌ و حوزه‌ی‌ علمیه‌ی‌ قم‌ و خاندان‌ محترم‌ و فرزندان‌ مکرم‌ ایشان‌ تسلیت‌ عرض‌ می‌کنم‌ و علو درجات‌ ملکوتی‌ ایشان‌ را از خداوند رحیم‌ مسألت‌ می‌نمایم‌.
سید علی‌ خامنه‌ای‌
22/6/79