در پی‌ درگذشت‌ عالم‌ پارسا و پرهیزگار مرحوم‌ حجت‌الاسلام‌ والمسلمین‌ آقای‌ حاج‌ سیدمحمد باقر حجت‌(ره‌) حضرت‌ آیت‌الله‌ خامنه‌ای‌ رهبر معظم‌ انقلاب‌ اسلامی‌ پیام‌ تسلیتی‌ به‌ جناب‌ حجت‌الاسلام‌ والمسلمین‌ آقای‌ واعظ طبسی‌ صادر فرمودند.
متن‌ پیام‌ تسلیت‌ بدین‌ شرح‌ است‌:

بسم‌ الله‌ الرحمن‌ الرحیم‌
جناب‌ حجت‌الاسلام‌ والمسلمین‌ آقای‌ واعظ طبسی‌ دامت‌ برکاته‌
درگذشت‌ عالم‌ پارسا و پرهیزگار، مرحوم‌ حجت‌الاسلام‌ والمسلمین‌ آقای‌ حاج‌ سیدمحمدباقرحجت‌ رحمه‌الله‌ علیه‌ را به‌ حوزه‌ علمیه‌ مبارکه‌ و جامعه‌ی‌ محترم‌ علماء اعلام‌ و روحانیت‌ معظم‌ خراسان‌ و بالخصوص‌ به‌ بازماندگان‌ محترم‌ و خاندانهای‌ مصاب‌ تسلیت‌ عرض‌ می‌کنم‌. ایشان‌ بازمانده‌ی‌ یکی‌ از بیوت‌ علمی‌ معروف‌ و بزرگ‌ حوزه‌ی‌ کربلا و از اعقاب‌ فقیه‌ نامدار مرحوم‌ صاحب‌ ریاض‌ المسائل‌ و دارای‌ شرافت‌ نسب‌ و حسب‌ بودند و سالهای‌ متمادی‌ در مشهد مقدس‌ با نهایت‌ عفاف‌ و مناعت‌ و پارسایی‌ اقامت‌ داشتند و به‌ وظایف‌ علمی‌ و دینی‌ سرگرم‌ بودند، و امید است‌ اکنون‌ که‌ در جوار عتبه‌ی‌ مبارکه‌ی‌ حضرت‌ ثامن‌الائمه‌ علیه‌ و علیهم‌السلام‌ و میهمان‌ آن‌ بزرگوار در این‌ مرحله‌ی‌ حساس‌اند، مشمول‌ رحمت‌ و فضل‌ الهی‌ و میهمان‌ نوازی‌ آن‌ ملجاء غریبان‌ قرار گیرند. از خداوند علو درجات‌ و حشر با اجداد طاهرینشان‌ را مسئلت‌ می‌کنم‌.
والسلام‌ علیکم‌ و رحمه‌الله‌
سیدعلی‌ خامنه‌ای‌
28/10/1380