در پی‌ موانع‌ و مشکلات‌ به‌ وجود آمده‌ در بررسی‌ صندوقهای‌ رأی‌گیری‌ حوزه‌ انتخابیه‌ تهران‌، آیت‌الله‌ جنتی‌ دبیر شورای‌ نگهبان‌ طی‌ نامه‌ای‌ به‌ محضر حضرت‌ آیت‌الله‌ خامنه‌ای‌ رهبر معظم‌ انقلاب‌ اسلامی‌، ضمن‌ برشمردن‌ پاره‌ای‌ از اشکالات‌ خواستار راهنمایی‌ معظم‌له‌ شد.
متن‌ نامه‌ آیت‌الله‌ جنتی‌ بدین‌ شرح‌ است‌:
محضر مبارک‌ مقام‌ معظم‌ رهبری‌ حضرت‌ آیت‌الله‌ خامنه‌ای‌ (مد ظله‌ العالی‌)
با سلام‌
احتراما همان‌ طور که‌ مستحضرند پس‌ از بررسی‌ 528 صندوق‌ توسط هیأت‌ اجرایی‌ و هیأت‌ نظارت‌ در اواخر سال‌ 1378 پرونده‌ انتخابات‌ حوزه‌ انتخابیه‌ تهران‌ در اواخر اسفند 1378 به‌ شورای‌ نگهبان‌ ارسال‌ شد، در این‌ پرونده‌ شکایت‌ چند تن‌ از داوطلبان‌ نمایندگی‌ وجود داشت‌ که‌ مطابق‌ قانون‌، شورای‌ نگهبان‌ باید به‌ آنها رسیدگی‌ می‌کرد. شورای‌ نگهبان‌ به‌ منظور رسیدگی‌ به‌ شکایات‌ یاد شده‌ و همچنین‌ رفع‌ و دفع‌ برخی‌ از شبهات‌ علاوه‌ بر موارد شکایت‌ تعداد دیگری‌ از صندوقها را مورد بررسی‌ قرار داد و مجموعا 867 صندوق‌ مورد بازشماری‌ قرار گرفت‌ و متأسفانه‌ با برخی‌ از اشکالات‌ و تخلفات‌ شکلی‌ و ماهوی‌ برخورد شد از جمله‌:
ـ مغایرت‌ تعداد تعرفه‌ها و برگهای‌ رأی‌.
ـ وجود آرائی‌ که‌ دارای‌ مهر نظارت‌ نیستند.
ـ آراء با دو خط.
ـ مغایرت‌ تعداد آراء فرم‌ داخل‌ صندوق‌ با بازشماری‌ مجدد.
ـ فقدان‌ فرم‌ که‌ باید داخل‌ صندوق‌ باشد.
ـ پارگی‌ لفاف‌ صندوقها.
ـ نبودن‌ لاک‌ و مهر بر روی‌ برخی‌ از صندوقها.
ـ تخلفات‌ دیگر...
در این‌ شرایط، شورای‌ نگهبان‌ در برابر این‌ امر دشوار قرار گرفته‌ است‌ که‌ چنانچه‌ بخواهد به‌ همین‌ ترتیب‌ بازشماری‌ را ادامه‌ دهد با توجه‌ به‌ تجربه‌ بازشماری‌ تا این‌ مرحله‌؛ با توجه‌ به‌ موانع‌ و مشکلات‌ ناشی‌ از بررسیهای‌ صندوقها و طول‌ مدت‌ بازشماری‌ تا این‌ مرحله‌ بازشماری‌ کامل‌ به‌ مدت‌ طولانی‌ دیگری‌ نیاز داد که‌ شاید در شرایط کنونی‌ امکان‌ اقدام‌ به‌ آن‌ وجود نداشته‌ باشد و علاوه‌ بر این‌ به‌ مصلحت‌ مردم‌ و مجلس‌ نیز نمی‌باشد و با توجه‌ به‌ نتایج‌ کنونی‌، شورای‌ نگهبان‌ نمی‌تواند صحت‌ انتخابات‌ را تأیید نماید.
با عنایت‌ به‌ آنچه‌ گذشت‌ شورای‌ نگهبان‌ مصلحت‌ دید که‌ موضوع‌ و مسائل‌ مربوط به‌ آن‌ را به‌ استحضار حضرتعالی‌ برساند و از آن‌ مقام‌ معظم‌ تقاضای‌ راهنمایی‌ کند.
شرح‌ و تفصیل‌ تخلفات‌ مزبور در ضمائم‌ پیوست‌ تقدیم‌ می‌شود.
دبیر شورای‌ نگهبان‌
احمد جنتی‌

پاسخ‌ مقام‌ معظم‌ رهبری‌ به‌ نامه‌ آیت‌الله‌ جنتی‌ نیز به‌ این‌ شرح‌ است‌
بسم‌ الله‌ الرحمن‌ الرحیم‌
حضرات‌ اعضای‌ محترم‌ شورای‌ نگهبان‌ (دامت‌ توفیقاتهم‌)
با سلام‌ و تحیت‌ در پاسخ‌ به‌ نامه‌ی‌ آقایان‌ محترم‌ در مورد انتخابات‌ تهران‌، ابتدائا لازم‌ می‌دانم‌ از تلاش‌ مسؤولانه‌ی‌ آن‌ شورا در پاسداری‌ از آراء انتخاباتی‌ ملت‌ شریف‌ ایران‌ از دقتی‌ که‌ در عمل‌ به‌ وظیفه‌ی‌ بزرگ‌ امانتداری‌، به‌ کار برده‌اید صمیمانه‌ تشکر کنم‌. بی‌شک‌ خدمات‌ مرارت‌بار و پررنجی‌ از این‌ قبیل‌، پاسخ‌ شایسته‌ی‌ مسؤولان‌ به‌ این‌ ملت‌ بزرگ‌ و وظیفه‌ شناس‌ و لازمه‌ی‌ شکرگزاری‌ نعمت‌ نظام‌ اسلامی‌ در برابر خداوند متعال‌ است‌.
اینجانب‌ پس‌ از قدردانی‌ و تشکر از تلاشهای‌ آقایان‌ محترم‌ و دیگر دست‌اندرکاران‌ انتخابات‌، نکات‌ زیر را اعلام‌ می‌دارم‌:
1ـ صندوقهایی‌ که‌ مخدوش‌ بودن‌ آن‌ از نظر شورای‌ نگهبان‌ به‌ اثبات‌ رسیده‌ است‌ و با معیارهای‌ آن‌ شورا قابل‌ تأیید نیست‌ باید ابطال‌ گردد.
2 ـ به‌ نظر می‌رسد که‌ بازشماری‌ بقیه‌ صندوقها که‌ طبق‌ آنچه‌ در نامه‌ی‌ خود مرقوم‌ داشته‌اید جز در مدتی‌ طولانی‌ ناممکن‌ و بر خلاف‌ مصلحت‌ است‌، وظیفه‌ای‌ شرعی‌ و قانونی‌ را متوجه‌ آن‌ شورا نمی‌سازد زیرا وجود تخلف‌ در آنها محرز نیست‌.
3 ـ وضعیت‌ منتخبان‌ تهران‌ با توجه‌ به‌ کلیه‌ صندوقها بجز آنچه‌ دربند 1 آمده‌ است‌ ملاحظه‌ و نتایج‌ آن‌ به‌ عنوان‌ نتایج‌ قطعی‌ انتخابات‌ تهران‌ اعلام‌ شود.
4 ـ دستگاه‌ قضایی‌ و بازرسی‌ موظفند عاملان‌ تخلف‌ در صندوقهای‌ مخدوش‌ را شناسایی‌ و تحت‌ تعقیب‌ قانونی‌ قرار دهند.
در پایان‌ از خداوند متعال‌ توفیق‌ و کمک‌ به‌ آقایان‌ محترم‌ و همه‌ی‌ خدمتگزاران‌ به‌ کشور و نظام‌ مقدس‌ اسلامی‌ را مسألت‌ می‌کنم.‌
سید علی‌ خامنه‌ای‌
 29 اردیبهشت 79