در پی درگذشت مرحوم حجت‌الاسلام والمسلمین حاج سید محمد مدرسی، از علمای بزرگ کشورمان پیام تسلیتی از سوی رهبر معظم انقلاب اسلامی حضرت آیت‌الله خامنه‌ای خطاب به حجت‌الاسلام حاج شیخ محمد‌علی صدوقی امام جمعه شهر یزد ارسال شد. متن پیام مقام به این شرح است:
جناب حجت‌الاسلام حاج شیخ محمد‌علی صدوقی امام جمعه محترم یزد؛ خبر درگذشت روحانی بزرگوار و سید جلیل‌القدر مرحوم حجت‌الاسلام والمسلمین آقای حاج سید محمد مدرسی یزدی، موجب تأثر و تأسف گردید. امید است خداوند متعال آن روحانی جلیل‌القدر را با اجداد طاهرینش محشور فرماید. لطفاً مراتب تسلیت اینجانب را به مردم شریف یزد و علمای اعلام و حجج اسلام آن سامان بخصوص برادر محترم و بزرگوار و سایر بازماندگان ابلاغ فرمایید.
والسلام علیکم و رحمة‌الله‌
سید علی خامنه‌ای‌
 24 اسفند 77