در پی درگذشت عالم ربانی و سالک مجاهد روحانی آیت‌الله آقای حاج سید محمّد حسینی تهرانی رحمةالله‌علیه، رهبر معظم انقلاب اسلامی پیام تسلیتی صادر کردند.
متن پیام رهبر معظم انقلاب به شرح زیر است:

بسم‌الله‌الرّحمن‌الرّحیم

حضرات حجج اسلام آقایان حاج سید محمّدصادق حسینی تهران و اخوان محترم

خبر رحلت عالم ربانی و سالک مجاهد روحانی آیةالله آقای حاج سید محمّد حسینی تهرانی را با اندوه و افسوس بسیار، دریافت کردم و عمیقاً متأسف و مصیبت زده شدم. ایشان از جمله فرزانگان معدودی بودند که مراتب برجسته‌ی علمی را با درجات والای معنویت و سلوک، توأماً دارا بودند و در کنار فقاهت فنی و اجتهادی، به فقه الله الاکبر نیز که از مقوله‌ی شهود و محصول تجربه‌ی حسی و مجاهدت معنوی است، نائل گشته بودند.

فقدان آن عزیز، برای آشنایان و ارادتمندانشان خسارتی دردناک و غمی هائل است.این‌جانب با قلبی اندوهگین و ملول، به شما آقازادگان محترم و والده‌ی محترمه و دیگر فرزندان و اخوان کسان و نزدیکان و نیز دوستداران و ارادتمندان ایشان تسلیت می‌گویم و از خداوند متعال برای ایشان علو درجات و حشر با احبه و اولیاء را مسألت می‌کنم. هنیناً له اعدةالله لاولیائه و عباده الصالحین والسّلام علیکم و رحمةالله.
 

سیّدعلی خامنه‌ای
۱۸ تیر ۱۳۷۴