در پی رحلت عالمِ عارف و اخلاقی، مرحوم حجةالاسلام والمسلمین آقای حاج شیخ محمد شجاعی رضوان‌الله‌علیه، رهبر معظم انقلاب اسلامی پیام تسلیتی صادر کردند.
متن پیام تسلیت رهبر معظم انقلاب به این شرح است:
 

بسم‌الله‌الرحمن‌الرحیم

درگذشت استاد اخلاق و سالک الی‌الله مرحوم حجةالاسلام والمسلمین آقای حاج شیخ محمد شجاعی رضوان‌الله‌علیه را به خانواده‌ی مکرّم و ارادتمندان و شاگردان و مستفیدان از بیانات ایشان تسلیت عرض میکنم. این عالم عارف و اخلاقی با افادات معنوی و اثرگذار خود که برخی از آن از رسانه‌ی ملی پخش می‌شد و با نفس گرم و شیرین خود که از دلی بامعرفت برمیخاست، جوانان و جویندگان بسیاری را به جاده‌ی معارف حقیقی رهنمون بود و دارای حق بزرگی بر جامعه‌ی جوان کشور است. از خداوند متعال بهترین پاداش صالحان را برای این عالم ربانی مسألت میکنم.

سیدعلی خامنه‌ای
۱۲ دی ماه ۱۳۹۴