در پی درگذشت شاعر برجسته و خلاق انقلاب دکتر قیصر امین پور، حضرت آیت الله خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی پیام تسلیت صادر کردند. متن پیام به این شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم

با اندوه و دریغ، خبر تلخ درگذشت شاعر فرزانه‌ی انقلاب دکتر قیصر امین‌پور را دریافت کردم.

از دست دادن او برای اینجانب و برای همه‌ی اصحاب شعر و ادب، خسارت‌بار است. او شاعری خلاق و برجسته بود و همچنان به سمت قله‌های این هنر بزرگ پیش میرفت.

درگذشت او آرزوهائی را خاک کرد، ولی راه فتح قله‌ها را امید است دوستان و یاران نزدیک و شاگردان این عزیز، ادامه دهند. او و دوستانش نخستین رویشهای زیبا و مبارک انقلاب در عرصه‌ی شعر بودند و بخش مهمی از طراوت و جلوه‌ی این بوستان، مرهون ظهور و رشد آن عزیز و دیگر دوستان همراه اوست. خداوند پاداش خوبیهای او را امروز که بیش از گذشته به آن نیازمند است، با کَرََم و فضل به او برگرداند و او را در آغوش رحمت و مغفرت خویش بگیرد. به خاندان و بازماندگان و دوستان و شاگردان آن عزیز صمیمانه تسلیت میگویم.

سیّدعلی خامنه‌ای
9/ آبان/1386