در پی ارتحال عالم جلیل القدر حضرت آیت‌الله‌العظمی حاج سید ابوالقاسم خویی پیام تسلیتی به این شرح از سوی حضرت آیت‌الله خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی صادرشد:
 

بسم‌الله‌الرحمن‌الرحیم

 

انا لله و اناالیه راجعون

با تأسف و تأثر فراوان با خبر شدیم که عالم جلیل القدر و فقیه عظیم الشأن حضرت آیةالله العظمی آقای حاج سید ابوالقاسم خویی مرجع تقلید بزرگوار روز گذشته دار فانی را وداع گفته و به جوار رحمت حق رحلت نمودند.
این حادثه برای جهان اسلام مخصوصاً حوزه های علمیه مصیبتی بزرگ است. آن عالم بزرگ بقیه ی سلف صالح و یکی از پرچمداران علوم اسلامی و یکی ازمراجع بزرگ تقلید دوران معاصر بود. ایشان در بسیاری از علوم اسلامی رایج در حوزه‌های علمیه از اساتید مسلم و کم نظیر بحساب می‌آمد. فقیهی بزرگ و اصولی‌ای عمیق و مفسری نوآور و رجالی‌ای صاحب مکتب و متکلمی زبر دست بود.
آثار علمی ارزشمند این مرد بزرگ به دهها جلد کتاب در فقه و اصول و تفسیر و رجال منحصر نمیشود. هزاران شاگرد تربیت یافته در حوزه ی دروس غنی و سرشار او هم اکنون در همه بلاد اسلامی منتشرند.
این بزرگوار یکی از نخستین کسانی بود که پس از شروع نهضت اسلامی به رهبری امام خمینی رضوان‌الله‌تعالی‌علیه حوزه‌ی علمیه نجف را به اهمیت حوادث ایران متوجه ساخت و سعی و کوششی ارجمند در همراهی با حرکت عظیم روحانیت و مردم در ایران مبذول کرد.
در نهضت خونین مردم عراق در رمضان سال ۱۴۱۱ هجری قمری قطب اصلی نهضت و مرکز صدور حکم قیام اسلامی بود و به همین جهت پس از سرکوب شدن این نهضت بوسیله رژیم خونخوار بعثی این کهن مرد دانشمند مورد آزار و شکنجه و اهانت مأموران سنگدل بعثی قرار گرفت و در معرض خطر جدی واقع شد و پس از آنکه به فضل الهی از خطر نجات یافت تا مدتها در شرایط سخت زیر نظر مأموران بعثی قرار داشت.
عمر طولانی و پربرکت این مرد بزرگ که نزدیک به یک قرن امتداد یافت سرشار از آزمایشهای الهی و نمایشگر سعی و تلاش یک انسان مؤمن و پرهیزگار است.
اینجانب مصیبت درگذشت این مرجع بزرگوار تقلید را به حضرت بقیةالله الاعظم ارواحناله‌الفدا و جهان تشیع مخصوصاً به حوزه‌های علمیه و علما و فقهای بزرگ و نیز به خانواده محترم و فرزندان ایشان و همه دوستداران و مقلدین ایشان تسلیت میگویم و رحمت و فضل و مغفرت الهی را برای ایشان مسئلت مینمایم.

یکشنبه نهم صفر ۱۴۱۳ هجری قمری
سید علی خامنه‌ای