حضرت آیت‌الله خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی در پیامی درگذشت عالم پارسا و پرهیزگار مرحوم آیت‌الله آقای حاج شیخ علیپناه اشتهاردی را تسلیت گفتند. متن پیام به این شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم

با تأسف و تأثر خبر درگذشت عالم پارسا و پرهیزگار مرحوم آیت الله آقای حاج شیخ علی‌پناه اشتهاردی را دریافت کردم. ایشان از بندگان صالح خداوند و عالمی مهذّب و پاک و برخوردار از سجایای اخلاقی و صلاح و سداد عملی بودند و نه تنها درس اخلاق ایشان در حوزه‌ی علمیه، که شیوه‌ی زندگی و رفتار ایشان نیز آموزنده‌ی تقوا و پارسائی محسوب میگشت.

اینجانب فقدان آن عالم ربانی را به علمای اعلام و مراجع عظام و به عموم فضلا و طلاب و ارادتمندان و شاگردان آن مرحوم تسلیت میگویم و رحمت و غفران و فضل الهی را برای وی از خداوند متعال مسألت میکنم.

سیّدعلی خامنه‌ای
19/تیر/1387