حضرت آیت‌الله خامنه‌ای: «مرحوم آقای حاج آقا مصطفیٰ (رضوان‌الله‌تعالی‌علیه) دو جا حقیقتاً درخشید... کاملاً از نزدیک من ایشان را می‌شناختم. اوّلاً ایشان از لحاظ ذهن و استعداد علمی، جزو افراد کم‌نظیر بود... پسر کسی مثل امام خمینی [بود] -خب ایشان در قم معروف بودند؛ چه قبل از مرجعیّت، چه زمان مرجعیّت- [امّا] یک‌ذرّه نشانه‌های آقازادگی در حاج‌آقا مصطفیٰ نبود... و جنبه‌ی دیگر حاج‌آقا مصطفیٰ، شجاعت او بود؛ یعنی واقعاً اینکه امام فرمودند که امید آینده‌ی اسلام بود، این به‌خاطر جامعیّت این آدم بود.» ۱۳۹۶/۰۷/۳۰
رسانه KHAMENEI.IR براساس این بخش از بیانات رهبر انقلاب به مناسبت سالروز شهادت شهید آیت‌الله سید مصطفی خمینی، نماهنگ «مجتهد شجاع و همراه امام» را منتشر میکند.
بیانات رهبر انقلاب که در این فیلم مشاهده میکنید:آشنایی من با مرحوم آقای حاج آقا مصطفی آقای خمینی رحمةالله‌علیه از خیلی دیروقت هست... اهل معنویت و عبادت بود. اهل نماز شب بود... از لحاظ سیاسی، مرحوم حاج آقا مصطفی یک فرد فوق‌العاده بااستعدادی بود... ایشان عالم بود، فاضل بود، مجتهد بود یقیناً و مدرّس بود، درس هم ایشان فقط در مقولات منقول و فقه و اصول و اینها نمی‌گفت بلکه در معقول هم ایشان استاد بود... یک قسمت قبل از حوادث ۱۵ خرداد است که ایشان به عنوان یک شخصیت فاضل، باسواد، فهیم و باذکاوت در دستگاه امام بود... یک نقش دیگر ایشان از بعد از حادثه‌ی ۱۵ خرداد بود که ایشان راوی و شاهد نزدیک این حادثه بود... به‌هرحال ایشان در خدمت امام بود؛ یعنی جزو آن لحظات حساس زندگی امام محسوب میشود خاطره و یاد این عزیز. بعد هم که ایشان را تبعید کردند به ترکیه باز در خدمت امام بود و سالهای متمادی در خدمت امام ماند تا هنگام شهادت.۱۳۶۲/۰۷/۲۰