قبل از پیروزی انقلاب اسلامی ایران، سامانه‌ها و تجهیزات مورد نیاز ارتش از کشورهای صنعتی گوناگون به‌ویژه بلوک غرب و آمریکا تأمین می‌شد و تحقیقات دفاعی به‌معنای واقعی جایگاهی نداشت. پس از پیروزی انقلاب، ارتش جمهوری اسلامی ایران که از سویی درگیر مسائل داخلی کشور شده و از پشتیبانی‌های آمادی و فنی کشورهای سازنده تجهیزات موجود نیز محروم گردیده بود، درگیر یک جنگ تحمیلی تمام عیار شد.

عوامل فوق‌الذکر به‌همراه تحریم نظامی، مشکلات ناشی از پاک‌سازی عوامل وابسته به رژیم سابق و خروج مستشاران خارجی، مجموعاً شرایط بسیار نامطلوبی را برای ارتش ایجاد نمود که امر تعمیر، نگهداری و تأمین قطعات مورد نیاز سامانه‌های موجود را با مشکل مواجه ساخت.

در چنین شرایطی با صدور پیامی توسط آیت‌الله خامنه‌ای به‌عنوان نماینده حضرت امام(ره) در ارتش ج.ا.ا و معاون امور انقلاب وزارت دفاع در مورخه 58/10/23، روح تازه‌ای در پیکر آجا (ارتش جمهوری اسلامی ایران) دمیده شد. تا قبل از صدور فرمان ایشان،
1. خانواده تحقیقات وجود خارجی نداشت و تحقیق و پژوهش هم مفاهیم دست‌نیافتنی می‌نمود.
2. در سطح نیروهای مسلح باور به خودکفائی محلی از اعراب نداشت.
3. تجهیزات ارتش با مشکلات عدیده‌ و اساسی برای تعمیر و نگهداری، تأمین قطعات و راه‌اندازی روبرو بود.

متعاقب صدور این فرمان تاریخی، نخستین مجموعه‌های خودکفایی و هسته‌های غیر متمرکز و جهادی، بنا بر نیاز، از زیر مجموعه‌های فنی و تخصصی آجا ایجاد و بدین ترتیب باور به خوداتکایی، خودکفایی، اعتلای دانش فنی و استقلال دفاعی در ارتش جمهوری اسلامی پایه‌گذاری شد.

آیت‌الله خامنه‌ای با حمایت‌ها و رهنمودهای خود در طی مسیر پرفراز و نشیب و سرنوشت‌ساز، مشوق و راهنمای مجموعه تحقیقاتی آجا بوده و با استمرار ابلاغ تدابیر، این خانواده را به سمت و سویی که به اعتلای خودکفایی واقعی می‌انجامید، رهنمون کردند.

ایشان در صبحگاه مشترک هشتم فروردین ماه 1362 در منطقه یکم دریایی بندرعباس سخنانی ایراد فرمودند که این سخنان سرآغاز حرکت جدی خودکفایی در ارتش جمهوری اسلامی ایران بود:
«من با اجازه فرماندهی کل نیروهای مسلح و مقام معظم رهبری به ستاد مشترک ارتش جمهوری اسلامی ایران و به فرماندهان سه نیرو پیشنهاد قطعی خواهم کرد که یک معاونت جهاد خودکفایی به وجود بیاورند و همه نیروهایی که می‌توانند، همه دست‌هایی که می‌توانند ما را به خودکفایی برسانند، جمع کنند و از آن‌ها کمال استفاده را بکنند.»

پس از آن ارتش جمهوری اسلامی ایران با شناخت امکانات، توانائی‌های علمی و فنی و با اتکاء به خودباوری، فعالیت‌های منسجم جهاد خودکفایی را از صورت غیر متمرکز خارج و در ساختار معاونت‌های جهاد خودکفایی نیروها متمرکز و متعاقباً با سازماندهی اداره تحقیقات و جهاد خودکفائی در ستاد آجا، به‌عنوان بالاترین رده ستادی ارتش در زمینه‌ خودکفائی، برنامه‌های مناسب در مقاطع مختلف زمانی تدوین و در طول جنگ تحمیلی محور تلاش‌های خود را در زمینه‌های زیر متمرکز نمود:

1. بازسازی اقلام فرسوده
2. تعمیر و حاضر بکار نمودن وسایل و تجهیزاتی که به دلیل وابستگی به بیگانگان مدت‌ها منتظر تعمیر بودند.
3. به‌سازی اقلام و تجهیزات با توجه به پیشرفت فناوری.
4. طراحی و ساخت نمونه قطعات و اقلام پیچیده.
5. اجرای پروژه‌های تحقیقاتی و تولید تجهیزات و سامانه‌هایی که با توجه به حصر اقتصادی امکان تهیه آن‌ها مقدور نبود.
6. فعالیت‌ها و تلاش جهادگران و متخصصین ارتش در طول جنگ تحمیلی نه فقط در حفظ و افزایش توان رزمی نیروها مؤثر واقع گردیده است، بلکه دستاوردهای مثبت و سازنده‌ای را به شرح ذیل درپی داشته است:

الف) افزایش دانش، توان علمی و تجربه کارکنان متخصص
ب) فراهم نمودن پایه‌های استوار و مستحکم برای فعالیت‌های گسترده‌تر تحقیقاتی
پ) ایجاد ارتباط با مراکز علمی و صنعتی در راستای شناخت توانائی‌های بالفعل و بالقوه صنعتی کشور به‌ویژه دانشگاه‌ها
ت) خودباوری، عشق به خوداتکایی و گسترش تفکرات جهادی در کلیه ارگان‌ها و یگان‌های آجا
ث) افزایش فعالیت‌های ساخت و تولید در یگان‌های آمادی
ج) واگذاری مسئولیت‌های تحقیقاتی بیشتر در زمینه‌های مختلف به معاونت‌های جهاد خودکفایی

تحقیقات آجا با خاتمه جنگ تحمیلی، وارد عرصه جدیدی از تحقیقات با ویژگی خاص (یعنی لزوم تجهیز ارتش به سامانه‌ها و تجهیزات تولید داخل کشور) شد. پیرو رهنمودهای فرماندهی کل قوا به ستاد آجا در مرداد ماه سال 70، دوره دیگری از مسیر حرکت و تلاش زنجیره تحقیقاتی آجا به سمت مأموریت اصلی، یعنی انجام تحقیقات به‌منظور طراحی و ساخت ادوات و تجهیزات زمینی، شناور و پروازی هدایت گردید و به حول و قوه الهی و رهنمودهای داهیانه آن فرماندهی و با اتکاء به دانش و توان علمی نظامیان توانمند خود و تجربیات گران‌قدر هشت سال دفاع مقدس با اجرای پروژه‌های تحقیقات دفاعی، رشته‌های وابستگی را بیش از پیش قطع نمود.

در ادامه به دو نمونه از مصادیق خودباوری و خوداتکایی در مجموعه آجا اشاره می‌گردد:
ساخت تانک ذوالفقار:
رهبر معظم انقلاب در سخنرانی مورخه 68/12/5 در جمع فرماندهان نداجا و هوانیروز گفتند: «من چند سال قبل از این جهاد خودکفایی را تشکیل دادم. الآن هم جهاد خودکفایی در همه نیروها از جمله در نیروی زمینی باید در حد اعلاء کار و تلاش بکند تا بتواند مقصود از این تشکیلات را که خودکفایی درونی است تا حد ممکن تأمین کند.»
بدین‌ترتیب حرکت جهادی در نزاجا سرعت گرفت و نهایتاً در سال 73 اولین تانک جمهوری اسلامی ایران ملقب به «ذوالفقار» تحویل نزاجا گردید.
به دنبال موفقیت نزاجا معظم‌له فرمودند: «دنبال کنید تانک، جای دیگری نسازند و دوباره‌کاری نشود» و بدین‌وسیله عطف به ابلاغ ستاد کل نیروهای مسلح، نزاجا متولی ساخت تانک گردید.

ساخت ناوشکن جماران:
در هنگام بازدید فرماندهی معظم کل قوا از کارخانجات نداجا در بندرعباس مقرر فرمودند: «ناو جنگی با کاربری حمل بالگرد و پرتاب موشک بسازید.» متعاقب صدور این فرمان حرکت جهادی سازندگی در این زمینه شکل گرفت و نهایتاً ناوشکن جماران در سال 1388 به ناوگان قدرتمند نداجا در جنوب ملحق شد. [گزارش تصویری از پیوستن این ناوشکن به نیروی دریایی]