اولین تنفیذ
هنگامی‌که پیروزی انقلاب اسلامی مردم ایران در سال 57 به آخرین مراحل خود نزدیک می‌شد حضرت امام خمینی(ره) در اقدامی هوش‌مندانه و برای اداره‌ی کشور بعد از سقوط رژیم پهلوی، مهندس مهدی بازرگان را که از چهره‌های سیاسی مخالف رژیم شاه و نزدیک به نیروهای انقلابی بود به‌عنوان رئیس دولت موقت منصوب کردند.

در جلسه‌ای که در تاریخ  15 بهمن 1357 در مدرسه‌ی رفاه با حضور خبرنگاران تشکیل شد، حکم انتصاب بازرگان به‌عنوان نخست وزیر دولت موقت قرائت شد. متن حکم توسط آقای هاشمی رفسنجانی و ترجمه‌ی انگلیسی آن توسط ابراهیم یزدی در مراسم قرائت شد.

حضرت امام در این حکم تأکید کرده بودند «جناب آقای مهندس مهدی بازرگان بنا به پیشنهاد شورای انقلاب، بر حسب حق شرعی و حق قانونی ناشی از آرای اکثریت قاطع قریب به اتفاق ملت ایران که طی اجتماعات عظیم و تظاهرات وسیع و متعدد در سراسر ایران نسبت به رهبری جنبش ابراز شده است... مأمور تشکیل دولت موقت می‌نمایم»  [متن کامل پیام]

این انتصاب به‌عنوان اولین انتصاب رسمی در دولت انقلابی ایران، ماهیتی قانونی و شرعی داشت. بر مبنای مدل حکومتی ولایت فقیه، لازم بود تا رئیس دولت مشروعیت خود را از فرمان رهبر که خود نیز دارای مشروعیتی الهی و مورد وفاق ملت بود، کسب کند. از این رو حضرت امام، بازرگان را به‌عنوان رئیس دولت منصوب و او را موظف به انجام وظایفی که در حکم به آن تأکید شده کردند.

اما عمر اولین دولت در جمهوری اسلامی چندان به درازا نکشید چراکه بازرگان و همفکران او در دولت موقت، در پی آن بودند تا با بهره‌گیری از فرصت حضور در دولت نظر ملت را به خود جلب کرده و بتوانند با حضور در نهادهای تازه تأسیس، مدل حکومتی مورد نظر خود را در جمهوری اسلامی مستقر کنند.  بر این اساس آنان تلاش زیادی برای حضور در مجلس خبرگان قانون اساسی به کار بستند ولی راه به جایی نبردند و از مجموع 73 نماینده مجلس خبرگان، تنها 6 کرسی در اختیار آنان قرار گرفت.

این شرایط و عدم اقبال مردم به آنان باعث شد تا مهندس بازرگان و همفکران او در دولت موقت به بهانه‌ی تسخیر لانه جاسوسی آمریکا توسط دانشجویان پیرو خط امام در روز 14 آبان 59 استعفا دهند.


تنفیذ در بیمارستان
بعد از استعفای دولت بازرگان، شورای انقلاب اداره‌ی امور کشور را به عهده گرفت و به عبارت بهتر توأمان هم عهده‌دار وظایف قوه‌ی مقننه و هم وظایف قوه‌ی مجریه شد. در آن شرایط مهم‌ترین رخداد کشور برنامه‌ریزی برای برگزاری همه‌پرسی قانون اساسی در 11 و 12 آذر 59 و همچنین اولین دوره‌ی انتخابات ریاست جمهوری بود که قرار بود در 5 بهمن 58 برگزار شود.

در اولین دوره‌ی از انتخابات ریاست جمهوری با توجه به مشکلاتی که برای جلال‌الدین فارسی نامزد حزب جمهوری اسلامی پدید آمد، بنی‌صدر توانست به‌عنوان رئیس‌جمهور انتخاب شود.

حضرت امام که در آن روزها در بیمارستان قلب تهران بستری بودند، برای این‌که روال اداره‌ی امور نظام نوپای اسلامی از حرکت نایستد، در همان بیمارستان مراسم تنفیذ بنی‌صدر را انجام دادند.

در حکم تنفیذ بنی‌صدر که در تاریخ 15 بهمن 1358 و با حضور مقامات کشوری و اعضای شورای انقلاب و خبرنگاران برگزار شد، حضرت امام فرمودند: «بر حسب آنکه مشروعیت آن(رأی ملت) باید به نصب فقیه جامع‌الشرایط باشد، اینجانب به موجب این حکم، رأی ملت را تنفیذ و ایشان را به این سمت منصوب نمودم؛ لکن تنفیذ و نصب این‌جانب و رأی ملت مسلمان ایران محدود است به عدم تخلف ایشان از احکام مقدسه اسلام و تبعیت از قانون اساسی اسلامی ایران.»

بعد از قرائت حکم تنفیذ بنی‌صدر، حضرت امام در سخنانی بر فانی بودن مقامات دنیوی تأکید کرده و فرمودند: «هر مقامی که برای بشر حاصل می‏شود، چه مقام‌های معنوی و چه مقام‌های مادی روزی گرفته خواهد شد و آن روز هم نامعلوم است.»  و افزودند: «توجه داشته باشند همه‌ی کسانی که برای بشر خدمت می‏کنند، کسانی که دارای مقامی هستند، دارای پستی هستند، که مقامْ آن‌ها را مغرور نکند. مقام رفتنی است و انسان در حضور خدای تبارک و تعالی ماندنی است.»

اما بنی‌صدر بعد از روی کار آمدن، رویه‌ای دیگر را در پیش گرفت. خیانت‌های او در جبهه‌های جنگ و همکاری و پیوند او با منافقین علیه نیروهای انقلاب باعث شد تا مجلس شورای اسلامی با رأی 177 نفر از نمایندگان در مقابل یک رأی مخالف سرانجام او را فاقد کفایت سیاسی اعلام کند.

آیت‌الله خامنه‌ای که با بیان 14 دلیل مستند، نقش ویژه‌ای در اعلام عدم کفایت سیاسی بنی‌صدر از سوی مجلس داشتند، درباره‌ی جلسه‌ی تنفیذ بنی‌صدر و سخنان امام در آن جلسه می‌گویند: «شما به نطق امام در زمان تنفیذ حکم ریاست جمهوری بنی‌صدر نگاه کنید. ببینید آیا آینده‌ی بنی‌صدر در آن نطق دیده می‌شود یا نه؟ بنده می‌گویم دیده می‌شود.»

فقط 28 روز
رئیس‌جمهور بعدی رجایی بود که در انتخابات دوم مرداد 1360 به‌عنوان رئیس‌جمهور انتخاب شد. مراسم تنفیذ او 11 مرداد در آستانه‌ی عید سعید فطر و در حسینیه‌ی جماران برگزار شد. در این پیام حضرت امام با تأکید بر این‌که این تنفیذ تا مادامی باقی است که رئیس‌جمهور در چارچوب قانون و شرع عمل کند افزوده بودند: «باید ایشان توجه داشته باشند و از عمل ملت دریافته باشند که ملت دلاور نیز رأی خود را بر این اساس به ایشان داده‏اند، و من امیدوارم که در حفظ این‏ امانت الهی و مسؤولیتی که ملت برعهده ایشان گذاشته است، با تمام توان کوشش نموده و از آن پاسداری نمایند و وفادار به پیمان خود در مقابل خداوند مقتدر حاضر و ناظر و ملت حاضر در صحنه و مراقب احوال و اوضاع باشند»  بعد از قرائت این پیام حضرت امام در سخنانی به تبیین رسالت خطیر رئیس‌جمهور در قبال آراء ملت پرداختند. [متن کامل سخنرانی امام خمینی]

ولی دست جنایت‌آفرین منافقین به رجایی اجازه‌ی خدمت به این کشور را نداد و کمتر از یک ماه بعد از مراسم تنفیذ، او به همراه حجت‌الاسلام باهنر در انفجار دفتر نخست‌وزیری به فیض شهادت نائل می‌آید.

عید قربان
برای انتخاب رئیس‌جمهور آینده، انتخابات در تاریخ 10 مهر 60 برگزار شد و آیت‌الله خامنه‌ای توانست با اکثریت قاطع آراء به ریاست جمهوری انتخاب شود. مراسم تنفیذ نیز 17 مهر 60 -  روز عید سعید قربان - در حسینیه‌ی جماران برگزار شد.

در این مراسم آقای سید احمد خمینی متن نامه‏های وزیر کشور و شورای نگهبان را مبنی بر اعلام صحت انتخابات قرائت نمود و سپس ایشان متن حکم امام خمینی(ره) در مورد تنفیذ انتخابات را برای حاضران خواند. [متن کامل]

حضرت امام در حکم تنفیذ رئیس‌جمهور جدید فرمودند: «خداوند متعال بر ما منت نهاد که افکار عمومی را برای انتخاب رئیس جمهوری متعهد و مبارز، در خط مستقیم اسلام و عالِم به دین و سیاست هدایت فرمود که امید است با حُسن تدبیر و کمک قوای سه گانه و پشتیبانی ملت بزرگ، مشکلات یکی پس از دیگری رفع و احکام مقدس اسلام به‏طور دلخواه در سطح کشور اجرا گردد. این‌جانب به پیروی از ملت عظیم‌الشأن و با اطلاع از مقام و مرتبت متفکر و دانشمند محترم جناب حجت‌الاسلام آقای سیدعلی خامنه‏ای - ایّده‌اللَّه تعالی- رأی ملت را تنفیذ و ایشان را به سمت ریاست جمهوری اسلامی ایران منصوب نمودم»  در این حکم نیز همانند احکام قبلی بر این نکته تأکید شده بود که این تنفیذ مشروط به رعایت شرع و قانون از سوی منتخب ملت است. بعد از قرائت حکم نیز حضرت امام در سخنانی با ذکر این نکته که آرای کسب شده توسط آیت‌الله خامنه‌ای بیشترین رأی در میان رؤسای جمهور پیشین و نمونه‌ای منحصر به فرد در دنیاست، به مسؤولین توصیه فرمودند که در راه خدمت به مردم از هیچ تلاشی فرو گذاری نکنند.  [متن کامل]

تنفیذ رأی 85 درصدی
آیت‌الله خامنه‌ای بعد پایان دور اول ریاست جمهوری‌شان، در دوره‌ی چهارم ریاست جمهوری هم نامزد انتخابات شدند و توانستند با کسب بیش از 85 درصد آراء به سمت ریاست جمهوری ایران انتخاب شوند. تنفیذ این دوره از انتخابات نیز در تاریخ 13 شهریور 1364 در حسینیه‌ی جماران برگزار شد.

حکم تنفیذ حضرت امام در دو حوزه قابل تقسیم بود. قسمت اول دعوت از مسؤولین به حفظ هوشیاری در مقابل دسیسه‌های بدخواهان انقلاب و قدرت‌های خارجی و منافقان داخلی بود. بخش دوم نیز اشاره به تنفیذ رئیس‌جمهور شده بود و تأکید شده بود که «... البته رأی ملت و تنفیذ این‌جانب، تا وقتی است که ایشان به تعهد خود و راه مستقیمی که در پیش داشته‏اند، باقی باشند و به اسلام و احکام نورانی آن پای‌بند و طرفدار مظلومان و مستضعفان و محرومان و مخالف ظالمان و ستم‌گران و مستکبران باشند و با هیچ ظالم مستکبری راه سازش باز نکنند که نمی‏کنند.»  بعد از قرائت حکم تنفیذ، حضرت امام در سخنانی مسؤولین کشور را به حفظ بیت‌المال، عدم پیروی از هوای نفس به عنوان عامل اصلی همه‌ی فسادها و همچنین پای‌بندی و رعایت صلاح اسلام و کشور در کارها توصیه کردند. 

امام
بعد از ارتحال حضرت امام در 14 خرداد 1368، حضرت آیت‌الله خامنه‌ای از سوی مجلس خبرگان رهبری به عنوان رهبر آینده‌ی نظام اسلامی انتخاب شدند.

هنوز زمانی - هر چند کوتاه- تا پایان اتمام زمان ریاست جمهوری ایشان باقی مانده بود و این به معنای آن بود که باید انتخاباتی زودرس برای تعیین رئیس‌جمهور آینده برگزار می‌شد.
انتخابات پنجمین دوره‌ی ریاست جمهوری در تاریخ 6 مرداد 68 برگزار شد و آقای هاشمی رفسنجانی توانست به عنوان رئیس‌جمهور کشور انتخاب شود.

مراسم تنفیذ حکم اولین دوره‏ی ریاست جمهوری حجت‌الاسلام والمسلمین هاشمی‏رفسنجانی در حسینیه‌ی جماران برگزار شد. در حکم تنفیذ، ضمن تقدیر از شخصیت و فعالیت‌های آقای رفسنجانی در انقلاب تأکید شده بود: «بدیهی است که این رأی و تنفیذ تا زمانی است که ایشان در همین صراط مستقیم و نورانی که عمر شریف خود را تاکنون در آن گذرانیده‏اند - یعنی راه دفاع از اسلام ناب محمّدی (صلی‏اللَّه‏علیه‌‏واله)- و مجاهدت برای تحقق حاکمیت کامل قرآن و عمل به شریعت و طرفداری از محرومین و مستضعفین و کوشش برای ریشه‏کن کردن فقر و محرومیت و استقرار عدالت اجتماعی راه خود را ادامه دهند که البته چنین خواهد بود.»  [متن کامل]

تنفیذ دوم، تأکید بر عدالت اجتماعی
حجت‌الاسلام هاشمی رفسنجانی بعد از به پایان رساندن چهارسال اول دوران ریاست جمهوریش، برای دوره‌ی بعد یعنی ششمین دوره ریاست جمهوری هم کاندیدا شد. در این انتخابات که در تاریخ 21 خرداد 72 برگزار شد، آقای رفسنجانی توانست مجدداً به عنوان رئیس‌جمهور ایران انتخاب شود هرچند کاهش 24 درصدی آراء وی در مقایسه با دوره‌ی قبل نشان از نارضایتی‌هایی از برنامه‌های دولت داشت.

تنفیذ این دوره از انتخابات هم در تاریخ 12 مرداد 1372 برگزار شد. آیت‌الله‌العظمی خامنه‌ای با تأکید بر این‌که تنفیذ مادامی برقرار است که رئیس‌جمهور در راه دفاع از اسلام ناب محمّدی صلّی‏اللَّه‏علیه‏‌وآله و استقرار عدالت اجتماعی و تمسّک به اصول پایدار انقلاب اسلامی گام بردارد فرمودند: «این فرصت را مغتنم شمرده، رئیس‌جمهور محترم و برادر گرامی خود را به آنچه توصیه‌ی همه‌ی انبیا و اولیاء مؤمنین است توصیه می‏کنم؛ یعنی رعایت تقوا و بی‏اعتنایی به زخارف دنیا و دوام ذکر الهی و اعتماد به قدرت حضرت احدیّت و ناچیز شمردن قدرت خود و همه‌ی قدرت‌مندان مادّی در برابر قدرت کامله‌ی الهی، و مهربانی با بندگان خدا و حُسنِ سلوک با مردم؛ به‌خصوص قشرهای ضعیف که نیروهای همیشه در صحنه‌ی انقلاب و صمیمی‏ترین یاران آنانند و حفظ موضع مستحکم همیشگی خود در برابر دشمنان و مخالفان و بدخواهان، و نیز به گزینش همکاران و مدیرانی که این معیارها را در آنان بازشناخته و ثبات قدم، استحکام روحیه و استقامت فکر آنان را آزموده باشند.»

متن حکم تنفیذ در کنار مسائلی که سوی رهبر انقلاب در سخن‌رانی بعد از قرائت حکم تنفیذ مطرح شد نشان از اهتمام ایشان به عدالت اجتماعی و ضرورت ملاحظه شدن آن از سوی دولت بود. [محورهای مطالبات رهبر انقلاب از حجت‌الاسلام هاشمی]

دوم خرداد
با پایان یافتن دوره‌ی دوم ریاست جمهوری آقای رفسنجانی، علی‌رغم برخی پیش‌بینی‌ها، حجت‌الاسلام و المسلمین خاتمی توانست با کسب اکثریتی بیست‌میلیونی به‌عنوان رئیس‌جمهوری اسلامی ایران انتخاب شود.

رهبر انقلاب درباره‌ی این انتخابات و حواشی آن فرمودند: « از ماه‌ها قبل، بعضی از بزرگان و عزیزان و برجستگان کشور، مکرر به من می‌گفتند که اگر شما به شخص خاصی برای ریاست جمهوری نظر دارید، آن را به ما بگویید تا ما اوضاع و احوال را هموار کنیم و مردم را هدایت نماییم که همان انجام گیرد. من به آن‌ها گفتم آنچه من از خدا خواسته‌ام، سی میلیون رأی است. در طول این چند ماه قبل از انتخابات، هر چه اصرار شد، آقایان محترم مسؤولان برجسته‌ی کشور و دیگران، غیر از همین حرف، چیزی از من نشنیدند. گفتم در این انتخابات، من آراء مردم را از خدای متعال خواسته‌ام؛ آن برای ما و کشور مهم است. بالأخره هرکس که در رأس دولت و قوه‌ی مجریه قرار گیرد، کاری می‌کند، پیشرفت‌هایی دارد، مشکلاتی دارد. هیچ‌کس مطلق نیست، هیچ‌کس کامل نیست؛ تفاضل‌ها هم خیلی زیاد نیست. آنچه برای من مهم است، این قضیه است که همه‌ی ملت احساس کنند که در این آزمایش شریکند. بحمدالله خداوند متعال این دعا را مستجاب کرد، این آرزو را برآورده نمود و این هدیه را به ملت ایران داد. ما اگر تا آخر عمرمان هم شکر کنیم، کم است.»

تنفیذ حکم ریاست جمهوری حجت‌الاسلام والمسلمین آقای خاتمی نیز در تاریخ 12/5/1376 انجام شد و ایشان از سوی رهبر انقلاب با تنفیذ آراء ملت به‌عنوان رئیس‌جمهور منصوب شدند.

رهبر انقلاب در این حکم ضمن تقدیر از حضور پرشکوه و سی‌میلیونی ملت در انتخابات، آن را مهر بطلانی بر توطئه‌های دشمنان برای کم کردن حضور ملت در انتخابات دانسته و تأکید کردند: «این رویکرد، همچنان که نشان اعتماد ملت ایران به روحانیت متعهد است، مژده‌رسان این نیز هست که در حرکت سازندگی ملت ایران - که بحمداللَّه سال‌هاست با همکاری ملت و مسؤولان برجسته آغاز گشته است - همواره توجه به ارزش‌های اصیل معنوی و پای‌بندی به دین و اخلاق و معنویت، رکن اساسی بوده و خواهد بود.»  ایشان در این حکم تأکید کردند: «تنفیذ این‏جانب همانند رأی ملت، تا زمانی است که ایشان به تعهد خود و صراط مستقیمی که تاکنون در پیش داشته‏اند - یعنی راه اسلام و احکام نورانی آن و دفاع از مستضعفان و مظلومان و ایستادگی در برابر دشمنان ستم‌گر و زورگو و مستکبر – پای‌بند باشند»  رهبر انقلاب وظیفه‌ی رئیس‌جمهور و دولت آینده را نیز تلاش در جهت تأمین و استقرار عدالت اجتماعی نامیدند. 


توصیه‌های راه‌گشا
آقای خاتمی نیز بعد از به پایان رساندن دوره‌ی چهار‌ساله‌ی ریاست جمهوری خود، برای دوره‌ی هشتم ریاست جمهوری هم کاندیدا شد و توانست در آن دوره از انتخابات که در تاریخ 18 خرداد 80 برگزار شد، با کسب 21میلیون رأی به‌عنوان رئیس‌جمهور ایران انتخاب شود. تنفیذ این دوره از انتخابات یک تفاوت ویژه با دوره‌های گذشته داشت و آن برگزاری مراسم تنفیذ در روز 11 مرداد 80 بود؛ سه تنفیذ قبلی در دوران رهبری آیت‌الله‌العظمی خامنه‌ای همواره در روز 12 مرداد انجام شده بود ولی این‌بار مراسم تنفیذ یک روز زودتر برگزار شد.

رهبر انقلاب در حکم تنفیذ آقای خاتمی تأکید کردند: «مردم ایران در فضائی آرام و با رفتاری متین و با اکثریتی قاطع و شورانگیز، شخصیتی انقلابی و فرزانه و منتسب به بیت سیادت و علم و تقوا را که اینک چهار‌سال تجربه‏ی مدیریت کلان بر مزایای ایشان افزوده است، به ریاست جمهوری برگزیدند و پای‌بندی خود را به دین و اخلاق و ارزش‌های معنوی و دلبستگی خود را به روحانیت و سیادت نشان دادند. اینک که بحمداللَّه این فرصت تازه و فضای پرنشاط در کشور پدید آمده، جای آن است که لحظه‌لحظه وقت مسؤولان و نخبگان و امناء ملت، به خدمت و تلاش مخلصانه سپری شود و عزم و همّت همگان، به سوی بسط عدالت و ارتقاء معرفت و معنویت و گشایش امر اقتصاد و معیشت عمومی، معطوف گردد و فقر و فساد و تبعیض که محصول حاکمیت جهل و ظلم و خودکامگی طواغیت در روزگاری بس طولانی است، از صفحه‏ی زندگی ملت ایران زوده شود.»  [محورهای مطالبات رهبر انقلاب از حجت‌الاسلام خاتمی]


تنفیذ نهم
بعد از پایان چهارسال دوم ریاست جمهوری آقای خاتمی، شرایط برای انتخاب رئیس‌جمهور جدید فراهم شد. آقای احمدی‌نژاد توانست در نهمین دوره‌ی انتخابات ریاست جمهوری که مرحله‌ی اول آن در 27 خرداد 84 و مرحله‌ی دوم آن در تاریخ سوم تیر برگزار شد، با کسب 17میلیون رأی به‌عنوان رئیس‌جمهور انتخاب شود.

مراسم تنفیذ این دوره از انتخابات ریاست جمهوری نیز در تاریخ 12 مرداد 84 برگزار شد. رهبر انقلاب در حکم انتصاب رئیس‌جمهور جدید تأکید کردند که حضور حداکثری مردم در این دوره از انتخابات، پدیده‌ای شگفت‌انگیز بوده است و افزودند: «مردم‌سالاری اسلامی به برکت انقلاب و امام کبیر ما، به ما آموخته است که حضور مردمی در عرصه‌ی گزینش مدیران کشور‌، عامل حراست از اقتدار ملی و حصاری مستحکم در برابر استیلاطلبی بیگانگان و دستاویزی مطمئن برای جلوگیری از لغزش و انحراف مدیران است. ملت ایران درس مردم‌سالاری را از اسلام فراگرفته و از بن دندان، مؤمن و متعهد به آن است، موانع این راه را با مجاهدت خویش، هموار کرده و سند آن را با خون عزیزترین جوانانش، به امضاء رسانده است».

رهبر معظم انقلاب همچنین تأکید کردند که این انتصاب تا زمان پای‌بندی رئیس‌جمهور به شرع و قانون است و افزودند: «رئیس‌جمهور محترم را به توکل به خداوند قادر و اغتنام فرصت زودگذر و اخلاص در عمل و به‌کارگیری همه‌ی توان خود و بهره‌گیری از ظرفیت عظیم انسانی کشور در راه دست‌یابی به هدف‌های والائی که اعلام کرده‌اند، توصیه می‌کنم و کمک و هدایت الهی را برای ایشان و همه‌ی مسؤولان کشور مسألت می‌نمایم»  [محورهای مطالبات رهبر انقلاب از آقای احمدی‌نژاد]