حضرت آیت الله خامنه ای رهبر انقلاب اسلامی عصر امروز در آغاز مجدد درس خارج خویش طی سخنانی حوزه های علمیه را به بازنگری عمیق و اندیشمندانه در مواد درسی، برنامه ریزی صحیح و منظم، توجه جدی به علوم گوناگون اسلامی، آگاهی از پیشرفت های جهان در مسائل مرتبط با علوم اسلامی و نیز تخصصی شدن رشته های مختلف علمی فرا خواندند و بر لزوم جدی گرفتن تهذیب اخلاق و اعراض از زخارف دنیا در حوزه های علمیه تأکید کردند.

مقام معظم رهبری همچنین فهم حقیقت دین و شریعت و بیان آن برای مردم را اصل و اساس فقاهت خواندند و توجه حوزه های علمیه را به ضرورت آشنائی با سبک های نوین تحقیق عمقی و عرضی، برنامه ریزی برای تبلیغ، ریشه کن کردن آفت فکر جدائی دین از سیاست،‌پرهیز از مسائل جناحی و خط بازیهای سیاسی و نیز تشویق طلاب به آزاد اندیشی، نوآوری و تفحص جلب کردند.

حضرت آیت الله خامنه ای با اشاره به نقش حوزه های علمیه در حفظ و تبیین دین اسلام برای نسل های مختلف بشری فرمودند: بقای دین مدیون تلاش حوزه هاست و اگر زحمات حوزه ها از آغاز تا به امروز نمی بود یقیناً از دین و حقایق دینی چیزی باقی نمی‌ماند. حوزه های علمیه تاکنون روحیه دینی مردم را تقویت و فکر جامعه را هدایت کرده و در مقاطع مختلف تاریخ در مسائل سیاسی و اجتماعی تأثیر گذاشته اند.در دوران قبل از مشروطیت تا دوره اخیر، در تحقق انقلاب اسلامی و بوجود آمدن جامعه و حاکمیتی بر پایه اسلام، اساتید، فضلا و طلاب، حوزه های علمیه همواره یک نقش حیاتی ایفا کرده اند و این امر باید مورد تدبر، تحقق و تفکر قرار گیرد.

مقام معظم رهبری بر لزوم برنامه ریزی عملی در جهت استفاده کاملتر از حوزه های علمیه به عنوان یک ذخیره بزرگ اسلامی تأکید کردند و افزودند: اساس حوزه های علمیه بر فقاهت است لذا فقه به معنای آگاهی از علم دین، فروع دینی و استنباط وظایف فردی و اجتماعی از مجموعه منابع دینی باید پیشرفت کند و فقاهت به معنای شیوهاستدلال و استنباط از اصول و مبانی بطور روز افزون عمق یابد. پرهیز از سطحی نگری به مسائل یک ضرورت است و باید احکام و مسائل مورد نیاز در ابعاد جهانی آن با تفحصو تحقیق از منابع و متوون مختلف فقهی استنباط و استخراج شود.

رهبر انقلاب اسلامی توجه حوزه های علمیه به علوم مختلف اسلامی را جلب کردند و فرمودند: شناخت و فهم قرآن کریم به عنوان علم قرآن و نیز حفظ آیات قرآنی در حوزه های علمیه باید بطور جدی مورد تأکید قرار گیرد. همچنین خلاء عظیمی در شناخت رجال وجود دارد ولازم است در زمینه علم رجال کار تحقیقاتی زیادی صورت گیرد. تاریخ و فلسفه باید در حوزه ها رواج پیدا کند و طلاب ما از افکار فلسفی موجود در دنیا آگاهی داشته باشند تا بتوانند همواره در برابر فلسفه های غیر اسلامی آمادگی لازم و حالت تهاجمی داشته باشند و در این زمینه ها باید متخصصینی در حوزه های علمیه تربیت شوند.

حضرت آیت الله خامنه ای به بیان اهمیت آگاهی حوزه های علمیه از پیشرفت های بدست آمده در جهان امروز پیرامون مسائل مربوط به علوم اسلامی پرداختند و ضمن تأکید بر لزوم آشنائی حوزه های علمیه با سبک های نوین تحقیقاتی فرمودند: حوزه ها باید حرکت به سمت تخصصی شدن را جدی بگیرند و در فقه و اصول و بخش های مختلف فقهی و دیگرعلوم اسلامی تخصص و درجات تخصصی به اجرا گذاشته شود.

رهبر انقلاب اسلامی لزوم برنامه ریزی حوزه های علمیه در جهت تبیین هدف، محتوا، ابزار و چگونگی انجام تبلیغ را مورد تأکید قرار دادند و با بیان ضرورت ریشه کن کردن فکر جدائی دین از سیاست فرمودند: دین در خدمت اداره زندگی مردم است و سیاست باید از دین تغدیه کند و استنباط فقهی نیز بر اساس اداره یک کشور، جامعه و نظام باشد. حوزه های علمیه درخدمت اسلام هستند و باید برای حل مشکلات کشور و نظام اسلامی راه حل ارائه دهند.باید به فکر سیاسی اهمیت داده شود و عالم دینی از فکر سیاسی روشن، زنده و متناسب با زمان برخوردار باشد.

حضرت آیت الله خامنه ای حوزه‌های علمیه را به عنایت و احترام به طلابی که بخش مهمی از وقت خود را به مجاهدت در جبهه ها و یا خدمت در نهادها و ارگانهای نظام گذرانده اند توصیه کردند و با اشاره به لزوم پرهیز حوزه های علمیه از مسائل جناحی و خط بازیهای سیاسی خاطر نشان ساختند که طلاب باید هریک بر اساس ذوق، توان و موقعیت خاص خویش در زندگی علمی و فکری خود به برنامه ریزی بپردازند.

مقام معظم رهبری همچنین اهمیت تهذیب اخلاق و اعراض از زخارف دنیا در حوزه های علمیه را یادآور شدند و ضمن تأکید بر ضرورت برخورداری طلاب از خدمات مناسب جهت تحصیل در حوزه های علمیه افزودند: برگزار کنندگان امتحانات در حوزه هاباید طلاب را از تلاش بی حاصل در پرداختن به حواشی بر حذر دارند و آنان را بیشتر به سوی تحقیق، تفحص و آزاد اندیشی و نوآوری سوق دهند.

رهبر انقلاب اسلامی در پایان سخنانشان لزوم بکار گرفتن روشهای نو در کتابهای درسی حوزه های علمیه را متذکر شدند و تعیین هیأتهائی برای نوشتن کتابها و مطالب جدید و نیز پرداختن به فقه مقارن در حوزه های علمیه را مفید و با اهمیت دانستند.