منقول است آیت‌الله شیخ عبدالکریم حائری که بعد از مهاجرت از کربلا به ایران، مدیریت حوزه‌ی علمیه‌ای در اراک را بر عهده گرفته بود، در سفری که به قصد مشهد داشت، در مسیر خود چند روز هم در قم اقامت کرد. او با دیدن غربت حوزه‌ی قم در آن ایام، افسوس زیادی خورد و شاید همین موضوع هم موجب شد در سفر بعدی که به دعوت علمای قم به این شهر رفته و دست بر قضا با استقبال چشم‌گیر مردم هم همراه شده بود، تصمیم گرفت که به قم مهاجرت کرده و مدیریت حوزه‌ی قم را بر عهده بگیرد. از آن پس بود که او را «آیت‌الله مؤسس» نام نهادند.

با این اقدام، حوزه‌ی قم جانی دوباره گرفت و حال و هوای آن به‌کلی عوض شد. ورود آیات عظام سیدابوالحسن اصفهانی و محمدحسین نائینی به قم، و وجود شاگردانی چون سیدمحمدتقی خوانساری، امام خمینی، سید احمد خوانساری، سید محمدرضا گلپایگانی و محمدعلی اراکی و... موجب رونق و افزایش اهمیت حوزه‌ی قم شد به‌طوری‌که شمار طلاب آن به بیش از ۱۰۰۰ نفر در آن روزگار رسید. شیخ عبدالکریم از سه جهت در تثبیت و توسعه حوزه‌ی قم تأثیر داشت: مرجعیت، تحول در روش‌های آموزشی و زعامت علمی، و اداره‌ی امور حوزه.

پس از دوران آیت‌الله حائری، با تلاش افرادی چون امام خمینی، آیت‌الله بروجردی زعامت حوزه‌ی قم را بر عهده گرفت که بر شور و نشاط علمی حوزه دوچندان اضافه کرد. او با ارائه‌ی شیوه‌ی جدیدی از تدریس مباحث فقهی، نسلی از شاگردان را تربیت کرد که بعدتر جزو مراجع و اساتید مهم حوزه شدند. آیت‌الله بروجردی همچنین در زمینه‌ی موضوعات سیاسی- اجتماعی نیز اقداماتی انجام داد که می‌توان به مسائلی چون پیشنهاد گنجاندن درس تعلیمات دینی در کتب درسی مدارس و موافقت دولت با آن، پیشنهاد توقف قطارها در ایستگاه برای اقامه‌ی نماز مسافران، مقابله با نفوذ بهائیت در مراکز دولتی، حمایت از مردم فلسطین و صدور اعلامیه درباره‌ی آن اشاره کرد. پس از ارتحال آیت‌الله بروجردی، بسیاری از شاگردان او، گرداگرد امام جمع شدند به‌طوری‌که در درس خارج او، بیش از ۴۰۰ تن شرکت می‌کردند. در این دوران بود که امام خمینی، با علم به تثبیت جایگاه و موقعیت حوزه در جامعه، اقدامات سیاسی و اجتماعی خود را گسترش داد. گرچه رژیم پهلوی، خیلی زود متوجه خطر امام شد و ابتدا او را زندانی و سپس به خارج از کشور تبعید کرد، اما به دلیل پرورش نسلی از "طلاب جوان و انقلابی" که حرف امام خمینی را تا دل شهرها و روستاها "امتداد" می‌دادند، نهایتا نهضت امام خمینی در سال ۵۷ به پیروزی رسید. بی‌تردید «اگر طلّاب نبودند این حرکت این‌طور گسترش پیدا نمی‌کرد... طلبه‌ها بودند که این فکر را منتقل کردند به سرتاسر کشور.»(۱۳۹۴/۱۲/۲۵) در میان شاگردان امام، یکی از مهم‌ترین و مطرح‌ترین آنها، شهید بزرگوار مرتضی مطهری بود. «همان‌طور که ایشان شاگرد خوبی برای امام بودند و قدر امام را واقعاً ایشان می‌دانست و امام را می‌شناخت، امام هم این شاگرد خوب و ممتاز خودش را واقعا می‌شناخت.»(۱۳۶۳/۰۲/۱۰) شهید مطهری دو کار مهم را در آن مقطع حساسِ منتهی به انقلاب اسلامی انجام داد:
اول، پاسخ دادن به نیازهای جامعه‌ی زمانه‌ی خود بر اساس طرح کلی اندیشه‌ی اسلامی. «شهید مطهری به عرصه‌ی ذهنیت جامعه نگاه کرد و عمده‌ترین سؤالات ذهنیت جامعه‌ی جوان و تحصیلکرده کشور را بیرون کشید و آنها را با تفکر اسلامی و فلسفه‌ی اسلامی و منطق قرآنی منطبق کرد و پاسخ آنها را در سطوح مختلف در مقابل افراد گذاشت.»(۱۳۸۳/۰۴/۱۵)

دوم، شهید مطهری، در مقابل نسخه‌های التقاطی از اسلام و یا افکار وارداتی غربی، به تمام معنا ایستاد و تفکر صحیح اسلامی را در جامعه شرح و بسط داد. «ایشان با قوّت فکری و اندیشه‌ی قوی و صائب خود وارد میدان‌هایی شد که تا آن‌وقت هیچ‌کس در زمینه‌ی مسائل اسلامی وارد این میدان‌ها نشده بود... ایشان، هم در جبهه‌ی مقابله‌ی با مارکسیست‌ها به یک جهاد بسیار هوشمندانه دست زد، و هم در جبهه‌ی مقابله‌ی با تفکرات غربی و لیبرالیست‌ها وارد میدان شد.»(۱۳۸۲/۱۲/۱۸)

به‌همین دلیل، آثار شهید مطهری، «مبنای فکری نظام جمهوری اسلامی ایران است. دیگران به مقدمات این انقلاب خیلی کمک کردند، ولی افکار آن‌ها در ساخت نظام جمهوری اسلامی ایران، نقش آن‌چنانی نداشته است.» با این همه اما «ما نمی‌توانیم در شهید مطهری متوقف شویم... ما احتیاج داریم مطهری‌هایی برای دهه‌ی ۸۰ و ۹۰ داشته باشیم؛ چون نیازهای فکری روزبه‌روز و نوبه‌نو وجود دارد.»(۱۳۸۳/۰۴/۱۵) فارغ از شخصیت انگشت‌شماری که هم‌اکنون چنین نقشی را ایفا می‌کنند، امروز جریان حوزه می‌بایست همان کاری را انجام دهند که مطهری انجام داد. امروز مطهری‌های دهه‌ی ۹۰ باید همان نسبتی را با انقلاب داشته باشند که مطهری داشت. یعنی اولا آنکه انقلابی باشند و نسبت به پروژه‌ی انقلاب‌زدایی از حوزه و جامعه حساس باشند. ثانیا حرف انقلاب را تا اقصی نقاط کشور و بلکه جهان امتداد دهند. ثالثا فرزند زمانه‌ی خویش باشند و برای سؤالات جدید، پاسخ‌های متناسب و منطقی ارائه دهند. و رابعا اینکه تفکر ناب اسلامی را از خطر التقاط و انحراف به مسیر تفکرات وارداتی شرقی و غربی مصون بدارند. «حرف من این است که می‌گویم حوزه‌ی علمیّه‌ی قم بایستی به‌عنوان یک حوزه‌ی انقلابی، به‌عنوان مهد انقلاب، به‌عنوان آن کوره‌ی آتشفشانی که همین‌طور دارد انرژی انقلابی را صادر می‌کند از خودش، حضور داشته باشد و ظهور داشته باشد.»(۱۳۹۴/۱۲/۲۵)