حضرت آیت‌الله خامنه‌ای در آخرین دیدار رئیس‌جمهور و اعضای هیأت دولت، ضمن تشکر صمیمانه از زحمات و تلاش‌های آقای خاتمی و همکاران ایشان در دولت در طول هشت سال گذشته، تصریح کردند: در این مدت کشور شاهد تلاش جدی، پرحجم و سخت دولتمردان بود که نتیجه‌ی آن، پیشرفت‌های فراوان در عرصه‌های مختلف صنعتی، کشاورزی، علمی، فناوری و خدمات است که این توفیقات از حافظه‌ی ملت ایران زدوده نخواهد شد و قطعاً نزد خداوند متعال دارای پاداش و اجر خواهد بود.
ایشان جابه‌جایی قدرت اجرایی در کشور را به بهترین شکل و شیرین‌ترین حالت از برکات اسلام و انقلاب برشمردند و افزودند: این روحیه‌ی برادری و همراه با محبت که در جابه‌جایی آرام قدرت اجرایی بروز می‌نماید، به عنوان بستر مردم‌سالاری اسلامی باید حفظ شود و دولت آینده نیز باید بر اساس توفیقات به‌دست‌آمده و با استفاده از تجربیات گرانبهای این دولت مسیر پیشرفت کشور را ادامه دهد.
مقام معظم رهبری با اشاره به تاریخ پرافتخار و عظمت ملت ایران و استعدادهای مادی و انسانی کشور خاطرنشان کردند: همه‌ی کسانی که در برهه‌های مختلف به عنوان خدمت‌گزار در عرصه‌ی اجرایی کشور حضور می‌یابند، باید با تلاش و کار مستمر و به اندازه‌ی توان خود یک گام به جلو بردارند تا درنهایت ملت ایران به جایگاه شایسته‌ی خود برسد.
حضرت آیت‌الله خامنه‌ای از نسل جوان کشور به عنوان نسلی باهوش، پرتوان و بااستعداد و مدیران اجرایی بسیار خوب آینده‌ی کشور یاد و تأکید کردند: پیشرفت امروز کشور با گذشته قابل مقایسه نیست و ملت ایران با اتکال به خداوند مسیر کمال خود را طی خواهد کرد و در این راه تهدیدها و توطئه‌های قدرت‌طلبان جهانی نیز تأثیری نخواهد داشت و همانند گذشته، یکی پس از دیگری خنثی خواهد شد.
مقام معظم رهبری دوران مدیریت را همراه با تلخی‌ها و شیرینی‌ها دانستند و با تأکید بر این‌که پایان یافتن مأموریت افراد به معنی پایان مسئولیت آنان نیست، افزودند: یکی از نکات مثبت دولت آقای خاتمی، سرزنده بودن و تلاش و فعالیت اعضای دولت تا لحظات آخر است.
حضرت آیت‌الله خامنه‌ای همچنین با تجلیل از شخصیت آقای خاتمی و با تأکید بر این‌که به دلیل روحیات و ویژگی‌های مثبت آقای خاتمی، پیوند عاطفی میان رهبری و رئیس‌جمهور به‌مراتب مستحکم‌تر از هشت سال گذشته است، افزودند: تدین و نجابت ذاتی آقای خاتمی از امتیازات برجسته‌ی ایشان است و رئیس‌جمهور در این هشت سال، ضمن زحمات و تلاش متراکم در مواجهه با حوادث مختلف صبر و تحمل کرد.
رهبر معظم انقلاب اسلامی خاطرنشان کردند: البته بارزترین خصوصیت آقای خاتمی در این دوران، مأیوس‌کردن دشمنانی بود که انتظار داشتند رئیس‌جمهور رودرروی نظام قرار گیرد، اما آقای خاتمی مقاومت نمود و فشارهای بسیاری را نیز تحمل کرد.
ایشان همچنین در بخش دیگری از سخنان خود با اشاره به تلاش عده‌ای برای ایجاد تقابل و رقابت میان جمهوریت و اسلامیت نظام تصریح کردند: در کشور ما جمهوریت از اسلامیت جدا نیست، زیرا مردم پایبند به مبانی دینی هستند و در همه‌ی انتخابات‌ها با رأی به پایه‌های اعتقادی خود در واقع نشان داده‌اند که مردم‌سالاری حقیقی در کشور همواره با اعتقاد به اسلام همراه بوده است.
 
آقای خاتمی -رئیس‌جمهور- نیز در این دیدار با قدردانی از رهنمودها و حمایت‌های مقام معظم رهبری در هشت سال گذشته گفت: امروز در حالی دولت را ترک می‌کنیم که چشم‌انداز بیست‌ساله‌ی کشور با اهدافی بلند و قابل تحقق تدوین شده و دولت نیز بر اساس این چشم‌انداز برنامه‌ی چهارم را تصویب کرده که این نشان‌دهنده‌ی ثبات، امنیت و توانمندی‌های بالای کشور است.
رئیس‌جمهور با اشاره به ایجاد بیش از دو میلیون و نهصد هزار شغل در طول پنج سال و کاهش نرخ بیکاری افزود: در این مدت نرخ تورم نیز کاهش یافت و همچنین قیمت ارز تک‌نرخی شد و آمار افراد زیر خط فقر به ۱۱/۵ درصد رسید که از کارهای بسیار مهم دولت می‌باشد.
آقای خاتمی تأکید کرد: به رغم همه‌ی این تلاش‌ها، اقدامات انجام‌گرفته را کافی نمی‌دانیم و هنوز مشکلات بر مردم فشار می‌آورد که امیدواریم روند رشد اقتصادی همراه با عدالت اجتماعی در دولت آینده ادامه یابد.
رئیس‌جمهور موفقیت‌ها و دستاوردهای دولت را نتیجه‌ی تلاش و فداکاری همکاران خود در دولت دانست و با اشاره به جابه‌جایی مسئولیت اجرایی کشور همراه با سلامت و آرامش افزود: این جابه‌جایی مسئولیت که بر اساس رأی مردم انجام می‌گیرد از دستاوردهای نظام جمهوری اسلامی است و بر همین اساس مهم‌ترین وظیفه‌ی همه‌ی ما استوار‌کردن پایه‌های مردم‌سالاری دینی و تلاش برای نهادینه‌کردن حقوق مردم و استقرار عدالت‌ می‌باشد.
 
در این دیدار حضرت آیت‌الله خامنه‌ای به منظور قدردانی از رئیس‌جمهور و همکاران ایشان، به آقای خاتمی و هر یک از اعضای هیأت دولت یک جلد کلام‌الله مجید اهداء کردند.
در پایان این دیدار، رئیس‌جمهور و اعضای هیأت دولت به همراه خانواده‌های خود، نماز مغرب و عشاء را به امامت حضرت آیت‌الله خامنه‌ای اقامه کردند و سپس شام را میهمان حضرت آیت‌الله خامنه‌ای بودند.