متن پیام رهبر انقلاب اسلامی به این شرح است:
بسمه تعالی
درگذشت عالم بزرگوار جناب حجةالاسلام والمسلمین آقای حاج شیخ حیدرعلی جلالی خمینی رحمةالله‌علیه را به خاندان و فرزندان مکرم و ارادتمندان ایشان تسلیت عرض میکنم. آن مرحوم از شاگردان قدیمی امام راحل و متکفل مسئولیتهائی از سوی معظم‌له پس از انقلاب بودند و نمونه‌ئی از یک روحانی فعال و پر نشاط محسوب میشدند. از خداوند رحمت و مغفرت و رضوان برای ایشان مسألت میکنم.
سیدعلی خامنه‌ای
۱۶ بهمن ۱۳۹۹
۱۶ بهمن ۱۳۹۹