متن پیام رهبر انقلاب اسلامی به این شرح است:
بسم الله الرّحمن الرّحیم
درگذشت عالم پارسا و با اخلاص جناب حجةالاسلام آقای حاج سیدیحیی جعفری رحمة‌الله‌علیه را به عموم مردم عزیز کرمان و ارادتمندان آن مرحوم و به خاندان مکرّم و معزّز ایشان تسلیت عرض میکنم. سالها خدمت به مردم در مسئولیتهای گوناگون و شئون متعدد روحانی، همراه با صفا و صدق در گفتار و رفتار، شاخصه‌ی این شخصیت عزیز و مُعتمَد بود. رحمت و رضوان الهی را برای ایشان مسألت میکنم.
سیّدعلی خامنه‌ای
۲ آذر ۱۳۹۹