رهبر معظم انقلاب اسلامی در پیامی درگذشت عالم جلیل حجت‌الاسلام والمسلمین آقای حاج شیخ مرتضی اشرفی شاهرودی را تسلیت گفتند.
متن پیام حضرت آیت الله خامنه‌ای به این شرح است:
متن پیام حضرت آیت الله خامنه‌ای به این شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
درگذشت عالم جلیل جناب مستطاب حجت‌الاسلام والمسلمین آقای حاج شیخ مرتضی اشرفی شاهرودی رحمة‌الله‌علیه را به خاندان مکرم و بازماندگان معزّز بویژه اخوی معظم ایشان و نیز به ارادتمندان و شاگردان آن مرحوم و به همه‌ی مردم مؤمن و انقلابی شاهرود تسلیت عرض میکنم و رحمت و مغفرت الهی و علوّ درجات ایشان را مسألت مینمایم.
سیّد علی خامنه‌ای
۲۴ شهریور ماه ۱۳۹۷
۲۴ شهریور ماه ۱۳۹۷