حضرت آیت‌الله خامنه‌ای رهبر انقلاب اسلامی طی حکمی آقای حجةالاسلام والمسلمین محمد محمدی ری‌شهری را به سمت دادستانی دادگاه روحانیت منصوب کردند. متن حکم به این شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
جناب حجةالاسلام والمسلمین آقای محمدی ری شهری دامت‌تأییداته
پیرو استعفای جناب حجةالاسلام والمسلمین آقای فلاحیان از دادستانی دادگاه روحانیت و با تشکر فراوان از خدمات و زحمات ارزنده‌ی ایشان در طول اشتغال به این مسؤولیت مهم، جنابعالی را که بحمدالله برخوردار از صلاحیت های علمی و عملی ودارای منزلت شایسته‌یی در نظام جمهوری اسلامی می‌باشید به دادستانی این دادگاه منصوب می‌کنم. اهمیت شأن و نقش علمای دینی و جامعه‌ی روحانی در هدایت مردم و قوام امور کشور اقتضا می‌کند که نسبت به تخلفات و کجروی هایی که ممکن است از برخی عناصر روحانی نما صادر شود حساسیت و اهتمام نشان داده شود و با متخلفین برخوردی قاطع و منطبق با احکام اسلامی انجام گیرد. امید است همچنان که از جنابعالی معهود است با اتکال به خداوند و اعتماد به عدل قضایی اسلام، این مسؤولیت خطیر را عهده‌دار گردید.
والسلام علیکم
سید علی خامنه‌ای
13/10/68
بسم الله الرحمن الرحیم
جناب حجةالاسلام والمسلمین آقای محمدی ری شهری دامت‌تأییداته
پیرو استعفای جناب حجةالاسلام والمسلمین آقای فلاحیان از دادستانی دادگاه روحانیت و با تشکر فراوان از خدمات و زحمات ارزنده‌ی ایشان در طول اشتغال به این مسؤولیت مهم، جنابعالی را که بحمدالله برخوردار از صلاحیت های علمی و عملی ودارای منزلت شایسته‌یی در نظام جمهوری اسلامی می‌باشید به دادستانی این دادگاه منصوب می‌کنم. اهمیت شأن و نقش علمای دینی و جامعه‌ی روحانی در هدایت مردم و قوام امور کشور اقتضا می‌کند که نسبت به تخلفات و کجروی هایی که ممکن است از برخی عناصر روحانی نما صادر شود حساسیت و اهتمام نشان داده شود و با متخلفین برخوردی قاطع و منطبق با احکام اسلامی انجام گیرد. امید است همچنان که از جنابعالی معهود است با اتکال به خداوند و اعتماد به عدل قضایی اسلام، این مسؤولیت خطیر را عهده‌دار گردید.
والسلام علیکم
سید علی خامنه‌ای
13/10/68