حضرت آیت‌الله خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی در پیامی به شرکت کنندگان در نشست سالیانه انجمن‌های اسلامی دانشجویان مستقل دانشگاههای سراسر کشور، با تأکید بر اینکه محیط دانشگاه امروز نیز نیازمند مشعل‌داران ایمان و تقوا و خودآگاهی سیاسی و تحرک و جوشش آرمانگرای دانشجویی است، همه دلسوزان بخصوص دانشجویان را به بیداری و حساسیت روزافزون در برابر فتنه‌های فرهنگی و سیاسی فراخواندند.
متن پیام مقام معظم رهبری که حجت‌الاسلام والمسلمین قمی مسؤول نهاد نمایندگی ولی‌فقیه در دانشگاهها آن را قرائت کرد به این شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
جوانان و دانشجویان عزیز
نهال انجمن اسلامی در دانشگاههای کشور با درایت و دورنگری امام بزرگوار در حساسترین لحظات انقلاب ریشه دوانید و به ثمر رسید، و در طول سالهای متمادی با توصیه‌های حکیمانه‌ی آن بزرگوار آبیاری شد. امروز با گذشت بیش از دو دهه از آن دوران، ارزش این نهال انقلابی و اسلامی و مردمی، همچنان برجاست. امروز هم مانند دوران پیدایش این انجمن‌ها محیط دانشگاه نیازمند مشعل‌داران ایمان و تقوا و خودآگاهی سیاسی و تحرک و جوشش آرمانگرای دانشجویی است و انجمن‌های اسلامی می‌توانند در شمار مجموعه‌های موفق این مسؤولیت بزرگ باشند. پرچم عدالت و آزادی اسلامی که امروز بوسیله‌ی نظام مقدس جمهوری اسلامی در برابر چشم جهانیان برافراشته شده است با دشمنان کینه‌ورز و معاندی روبرو است و زر و زورسالاران بین‌المللی، برای برگرداندن چشم و دل ملت‌های مسلمان از این نشانه‌ی عزت و آزادگی به صدها شیوه و توطئه سرگرمند. نسل جوان و دانشجوی ما باید لحظه‌ای از این عرصه‌ی رویارویی و ستیزه‌گری غافل نماند. دست پنهان و آشکار دشمن، دانشگاهها را از جمله‌ی اولین آماج‌های توطئه می‌شمرد و این، همه‌ی دلسوزان بخصوص خود دانشجویان عزیز را به بیداری و حساسیت روزافزون فرا می‌خواند. نشانه‌ی فتنه‌های فرهنگی و سیاسی در برابر چشم همگان است. جوانان با ایمان و آگاه می‌توانند این فتنه‌ها را در نطفه خفه کنند و اگر غبار فتنه بر پا شود آنرا فروبنشانند. امام بزرگوار انجمن‌های اسلامی را بارها از نفوذ دشمنان برحذر می‌داشتند. این توصیه‌ی حکیمانه امروز نیز همچنان باقی است.
اعضای انجمن‌ها، تلاش سیاسی را باید با خودسازی درونی و معنوی همراه کنند و سد مستحکمی در برابر نفوذ شیطان بسازند. در این صورت خلوص و صفای جوانی و دل‌پاک و آرمانگرای دانشجویی خود عهده‌دار همه‌ی مسؤولیت‌های بزرگ این دوران خواهد شد.
والسلام علیکم و رحمه الله و برکاته
سید علی خامنه‌ای
22/05/1381
متن پیام مقام معظم رهبری که حجت‌الاسلام والمسلمین قمی مسؤول نهاد نمایندگی ولی‌فقیه در دانشگاهها آن را قرائت کرد به این شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
جوانان و دانشجویان عزیز
نهال انجمن اسلامی در دانشگاههای کشور با درایت و دورنگری امام بزرگوار در حساسترین لحظات انقلاب ریشه دوانید و به ثمر رسید، و در طول سالهای متمادی با توصیه‌های حکیمانه‌ی آن بزرگوار آبیاری شد. امروز با گذشت بیش از دو دهه از آن دوران، ارزش این نهال انقلابی و اسلامی و مردمی، همچنان برجاست. امروز هم مانند دوران پیدایش این انجمن‌ها محیط دانشگاه نیازمند مشعل‌داران ایمان و تقوا و خودآگاهی سیاسی و تحرک و جوشش آرمانگرای دانشجویی است و انجمن‌های اسلامی می‌توانند در شمار مجموعه‌های موفق این مسؤولیت بزرگ باشند. پرچم عدالت و آزادی اسلامی که امروز بوسیله‌ی نظام مقدس جمهوری اسلامی در برابر چشم جهانیان برافراشته شده است با دشمنان کینه‌ورز و معاندی روبرو است و زر و زورسالاران بین‌المللی، برای برگرداندن چشم و دل ملت‌های مسلمان از این نشانه‌ی عزت و آزادگی به صدها شیوه و توطئه سرگرمند. نسل جوان و دانشجوی ما باید لحظه‌ای از این عرصه‌ی رویارویی و ستیزه‌گری غافل نماند. دست پنهان و آشکار دشمن، دانشگاهها را از جمله‌ی اولین آماج‌های توطئه می‌شمرد و این، همه‌ی دلسوزان بخصوص خود دانشجویان عزیز را به بیداری و حساسیت روزافزون فرا می‌خواند. نشانه‌ی فتنه‌های فرهنگی و سیاسی در برابر چشم همگان است. جوانان با ایمان و آگاه می‌توانند این فتنه‌ها را در نطفه خفه کنند و اگر غبار فتنه بر پا شود آنرا فروبنشانند. امام بزرگوار انجمن‌های اسلامی را بارها از نفوذ دشمنان برحذر می‌داشتند. این توصیه‌ی حکیمانه امروز نیز همچنان باقی است.
اعضای انجمن‌ها، تلاش سیاسی را باید با خودسازی درونی و معنوی همراه کنند و سد مستحکمی در برابر نفوذ شیطان بسازند. در این صورت خلوص و صفای جوانی و دل‌پاک و آرمانگرای دانشجویی خود عهده‌دار همه‌ی مسؤولیت‌های بزرگ این دوران خواهد شد.
والسلام علیکم و رحمه الله و برکاته
سید علی خامنه‌ای
22/05/1381