در پی نامه آقای سیدمحمدرضا خاتمی نائب رئیس و هیئت رئیسه مجلس شورای اسلامی به حضرت آیت‌الله خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی درخصوص مشکلات اخیر چند نفر از نمایندگان، مقام معظم رهبری در نامه‌ای ضمن تأکید بر لزوم حفظ حرمت قوه قضاییه از جانب مجلس و نیز حفظ حرمت مجلس از جانب قوه قضاییه تصریح کردند:
اینجانب نمایندگان محترم مجلس و نیز مسؤولان محترم قوه قضاییه را به پیمودن راههای قانونی و تمکین در برابر قانون و پرهیز از مجادله بیهوده در امری که مجرای قانونی آن مشخص است، دعوت می‌کنم.
متن نامه مقام معظم رهبری به این شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
جناب آقای محمدرضا خاتمی نائب رئیس مجلس شورای اسلامی
با سلام و تحیت، نامه‌ی جنابعالی و هیئت رئیسه محترم درباره‌ی مشکل اخیر چند نفر از نمایندگان مجلس شورای اسلامی ملاحظه شد. همانطور که میدانید در مورد این پیش آمد و امثال آن هیچ بن‌بست قانونی وجود ندارد و همه‌ی راه‌حلها در قانون اساسی پیش‌بینی شده است.
اینجانب نمایندگان محترم مجلس و نیز مسؤولان محترم قوه‌ی قضائیه را به پیمودن راههای قانونی و تمکین در برابر قانون دعوت می‌کنم و از مجادله‌ی بیهوده در امری که مجرای قانونی آن مشخص است، برحذر می‌دارم. اختلاف و جنجال بویژه در محضر افکار عمومی ملت عزیز که برای رفع مشکلات خود چشم به شماها و دیگر مسؤولان قوای سه گانه دوخته است، کاری برخلاف مصالح ملی و در نزد خدا و مردم ناپسندیده است. وظیفه‌ی همه‌ی شما این است که در هر مسؤولیتی هستید به فکر رفع مشکلات مردم باشید.
نمایندگان محترم مجلس موظف به نظارت و تذکر و انتقادند و در اجرای این وظیفه کسی حق تعرض به آنان را ندارد. البته آنان حق ندارند از مرزهای قانونی تجاوز کنند. قوه‌ی قضاییه نیز موظف به تعقیب قانون‌شکنان است و باید با متخلفین قاطعانه رفتار کند. آن قوه نیز حق ندارد از حدود قانونی خود در قضاء و مقدمات آن تجاوز کند. مجلس باید حرمت قوه‌ی قضاییه را حفظ کند و قوه‌ی قضاییه نیز باید حرمت مجلس شورای اسلامی را نگاه دارد برای همه‌ی این وظایف، قانون، موجود و گویا است و اگر ابهامی وجود داشته باشد مرجع رفع ابهام را هم قانون معین کرده است.
توفیقات همه‌ی شما را از خداوند متعال مسئلت می‌کنم.
سید علی خامنه‌ای
08/10/1380
خاطرنشان می‌شود آقای سید محمدرضا خاتمی از جانب هیئت رئیسه مجلس شورای اسلامی در نامه خود به مقام معظم رهبری با اشاره به تلاشهای گسترده جناحهای درون مجلس و نیز کمیته مشترک مجلس و قوه قضاییه برای حل مشکلات پیش آمده درخصوص چندنفر از نمایندگان و عدم نتیجه‌بخشی آنها گفته بود: به نظر ما حل اختلافات تنها زمانی به نتیجه می‌رسد که همه به رعایت قانون، صرف‌نظر از برداشتها و سلایق شخصی، ملزم شوند. همچنین در این نامه، هیئت رئیسه مجلس شورای اسلامی از رهبر انقلاب اسلامی توقف اقدامات قوه قضاییه در مورد نمایندگان مجلس شورای اسلامی را درخواست کرده بود.
اینجانب نمایندگان محترم مجلس و نیز مسؤولان محترم قوه قضاییه را به پیمودن راههای قانونی و تمکین در برابر قانون و پرهیز از مجادله بیهوده در امری که مجرای قانونی آن مشخص است، دعوت می‌کنم.
متن نامه مقام معظم رهبری به این شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
جناب آقای محمدرضا خاتمی نائب رئیس مجلس شورای اسلامی
با سلام و تحیت، نامه‌ی جنابعالی و هیئت رئیسه محترم درباره‌ی مشکل اخیر چند نفر از نمایندگان مجلس شورای اسلامی ملاحظه شد. همانطور که میدانید در مورد این پیش آمد و امثال آن هیچ بن‌بست قانونی وجود ندارد و همه‌ی راه‌حلها در قانون اساسی پیش‌بینی شده است.
اینجانب نمایندگان محترم مجلس و نیز مسؤولان محترم قوه‌ی قضائیه را به پیمودن راههای قانونی و تمکین در برابر قانون دعوت می‌کنم و از مجادله‌ی بیهوده در امری که مجرای قانونی آن مشخص است، برحذر می‌دارم. اختلاف و جنجال بویژه در محضر افکار عمومی ملت عزیز که برای رفع مشکلات خود چشم به شماها و دیگر مسؤولان قوای سه گانه دوخته است، کاری برخلاف مصالح ملی و در نزد خدا و مردم ناپسندیده است. وظیفه‌ی همه‌ی شما این است که در هر مسؤولیتی هستید به فکر رفع مشکلات مردم باشید.
نمایندگان محترم مجلس موظف به نظارت و تذکر و انتقادند و در اجرای این وظیفه کسی حق تعرض به آنان را ندارد. البته آنان حق ندارند از مرزهای قانونی تجاوز کنند. قوه‌ی قضاییه نیز موظف به تعقیب قانون‌شکنان است و باید با متخلفین قاطعانه رفتار کند. آن قوه نیز حق ندارد از حدود قانونی خود در قضاء و مقدمات آن تجاوز کند. مجلس باید حرمت قوه‌ی قضاییه را حفظ کند و قوه‌ی قضاییه نیز باید حرمت مجلس شورای اسلامی را نگاه دارد برای همه‌ی این وظایف، قانون، موجود و گویا است و اگر ابهامی وجود داشته باشد مرجع رفع ابهام را هم قانون معین کرده است.
توفیقات همه‌ی شما را از خداوند متعال مسئلت می‌کنم.
سید علی خامنه‌ای
08/10/1380
خاطرنشان می‌شود آقای سید محمدرضا خاتمی از جانب هیئت رئیسه مجلس شورای اسلامی در نامه خود به مقام معظم رهبری با اشاره به تلاشهای گسترده جناحهای درون مجلس و نیز کمیته مشترک مجلس و قوه قضاییه برای حل مشکلات پیش آمده درخصوص چندنفر از نمایندگان و عدم نتیجه‌بخشی آنها گفته بود: به نظر ما حل اختلافات تنها زمانی به نتیجه می‌رسد که همه به رعایت قانون، صرف‌نظر از برداشتها و سلایق شخصی، ملزم شوند. همچنین در این نامه، هیئت رئیسه مجلس شورای اسلامی از رهبر انقلاب اسلامی توقف اقدامات قوه قضاییه در مورد نمایندگان مجلس شورای اسلامی را درخواست کرده بود.