حضرت آیت‌الله خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی در پی حضور باشکوه مردم در پای صندوقهای رأی در انتخابات ریاست جمهوری، آن را حماسه‌ای تاریخی خوانده و با برشمردن توصیه‌هایی خطاب به مردم و مسئولان پیامی به این شرح صادر کردند:
بسم‌الله‌الرّحمن‌الرّحیم
ملت عزیز ایران
صحنه‌ی زیبا و پرشوری که در روز جمعه‌ی دوم خرداد و در پای صندوقهای رأی آفریدید، حقیقتاً یک حماسه‌ی تاریخی بود. آگاهی و هوشیاری سیاسی شما یک بار دیگر به کمک خداوند، درست در لحظه‌ی مقتضی، کار خود را کرد و از ایران اسلامی چهره‌یی با نشاط، مصمم، و سرشار از ایمان و آگاهی به دنیا نشان داد و بحمدالله کشور را در برابر توطئه‌ی دشمنان و وسوسه‌ی بدخواهان تا مدتها بیمه کرد. شرکت شما در یک مسابقه‌ی سالم و مسؤولانه برای انتخاب رئیس جمهور، با امنیت و انضباط تمام، و با رعایت بیشتر ملاحظاتی که در چنین حرکت عظیمی با ابعاد یک ملت بزرگ، در دنیا کمیاب و کم‌نظیر است، برای دوست و دشمن ثابت کرد که ملت ما به برکت عمل به اسلام ناب محمّدی (صلّیالله‌علیه‌واله) در صحنه‌ی جهاد سیاسی نیز مانند صحنه‌ی جهاد نظامی، از انسجام و ابتکار و نظم و قاعده‌ی درست برخوردار است و نَفَس زهرآگین دشمنان که از ماهها پیش به قصد دلسرد کردن مردم، صوری بودن و جدی نبودن انتخابات را با زبانهای مختلف در همه‌ی تبلیغات فرامرزی خود تکرار میکردند، در او کمترین تأثیر را ندارند. اکنون با حضور بسیار گسترده‌ی شما ملت عزیز در این آزمایش الهی، و با اختصاص اکثریت قاطع آراء به رئیس جمهور منتخب مردم، ایران اسلامی از آزمایشی دیگر، موفق و سرافراز بیرون آمده و دوران تازه‌یی در تاریخ درخشان جمهوری اسلامی آغاز شده است. ملت عزیز ما باید در دل از خداوند متعال شاکر باشد که او را به این حرکت افتخار آمیز هدایت کرد و دشمنان او را ناکام ساخت.
این‌جانب پس از سپاس خاضعانه از ساحت مقدس پروردگار که در لحظه لحظه‌ی این آزمایش بزرگ، شما ملت انقلابی و مؤمن و این بنده‌ی ناتوان را از هدایت و کمک و دستگیری خود محروم نساخت، از همه‌ی آحاد ملت که در این حماسه‌ی بزرگ شرکت کردند، همچنین از مراجع عظام و علمای اعلام و شخصیتهای سیاسی و فرهنگی و برجستگان حوزه و دانشگاه که در تشویق قشرهای گوناگون مردم به این امر اثر بارز داشتند، و بخصوص از صدا و سیما که با تلاش بیسابقه و فراهم ساختن گفتگوها و فرصتهای مناسب برای آشنایی مردم با نامزدهای انتخابات، انگیزه و امکان گزینش آزاد را به مردم دادند، و نیز از شورای محترم نگهبان و وزارت کشور که با صدق و امانت و کوشش خستگی ناپذیر خود، میدان را برای این مسابقه‌ی عمومی مهیا ساختند، و از همه‌ی کسانی که به نحوی در این امر کمک کردند، صمیمانه و با همه‌ی وجود تشکر میکنم و نکاتی را یادآور میشوم:
۱- به رئیس جمهور منتخب مردم، جناب حجةالاسلام آقای حاج سیّد محمّد خاتمی، توفیق خدمتگزاری ملت عظیم‌الشأن ایران و تحمل این امانت بزرگ را صمیمانه تبریک میگویم و ایشان را به وظیفه‌ی شکر و اهتمام و آمادگی متذکر میگردم. و همچنین از سایر نامزدهای محترم ریاست جمهوری که با آمادگی و حضور خود در میدان این آزمایش الهی، بزرگترین کمک را به ایجاد رقابت انتخاباتی و انگیزه بخشیدن به مردم کردند، صمیمانه تشکر میکنم. بیشک بدون حضور افکار و سلیقه‌ها و منشهای متنوع در صحنه‌ی نامزدی ریاست جمهوری، این موج عظیم حضور ملی پدیدار نمیگشت و این افتخار برای ملت ایران به ثبت نمیرسید.
۲- از طرفداران انتخاباتی رئیس جمهور محترم میخواهم که موفقیت خود را از کمک و هدایت الهی بدانند و در آینده نیز در همه‌ی عرصه‌های زندگی از خدای متعال کمک بخواهند. از طرفداران انتخاباتی سایر نامزدهای محترم نیز میخواهم که خدا را بر توفیقی که به آنان داد تا بتوانند در پدید آوردن این فصل درخشان سهیم باشند، شکرگزاری کنند و خود را برای کمک به رئیس جمهور منتخب آماده سازند.
۳- به همه‌ی ملت عزیز عرض میکنم که در انتخاباتی با این درخشندگی و زیبایی، همه‌ی عناصر دست‌اندرکار بَرَنده‌اند؛ هم کسی که بار مسؤولیت را با افتخار بر دوش گرفته، و هم همه‌ی کسانی که با ورود در میدان رقابت انتخاباتی، در این آزمایشِ پرشور نقش آفریده‌اند. و بدیهی است که برنده‌ی اصلی در این پدیده‌ی تابناک، ملت ایران و نظام جمهوری اسلامی است.
۴- در پایان، با پشتگرمی به فضل و رحمت و هدایت الهی، متضرعانه از خداوند متعال مسألت میکنم که مسؤولان امور را به آنچه رضای او و صلاح ملت در آن است، رهنمون گردد و رئیس جمهور منتخب ملت را مشمول هدایت و کمک خود فرماید و همگان را مشمول دعای حضرت ولی الله الأعظم (روحیفداه) سازد و بندگان مخلص و دلهای پاک و سرشار از نور و صفای انسانهای مؤمن و دلسوز را در سایه‌ی حمایت و هدایت و امنیت معنوی خویش قرار و آرام بخشد.
والسّلام علیکم و رحمةالله و برکاته
سیّد علی خامنه‌ای
سوم خرداد سال ۱۳۷۶ شمسی
سیّد علی خامنه‌ای
سوم خرداد سال ۱۳۷۶ شمسی