حضرت آیت‌الله خامنه‌ای در پیامی درگذشت علّامه‌ی بزرگوار مرحوم آقای دکتر سید جعفر شهیدی را تسلیت گفتند.
متن پیام رهبر انقلاب اسلامی به شرح زیر است:
متن پیام رهبر انقلاب اسلامی به شرح زیر است:
بسم الله الرحمن الرحیم
درگذشت علّامه‌ی بزرگوار مرحوم آقای دکتر سید جعفر شهیدی رحمت‌الله‌علیه را به خاندان گرامی و بازماندگان و به شاگردان و ارادتمندان ایشان و به جامعه‌ی علمی و دانشگاهی کشور تسلیت میگویم.
ایشان ادیبی فرزانه و مورخی ژرف‌نگر و انسانی والا و با کرامت و در شمار مفاخر علمی این زمان بودند و آثار قلمی با ارزش و ماندگاری از خود به جای گذاشتند. خداوند متعال این مرد مؤمن صادق را مشمول رحمت واسعه‌ی خود گرداند و با اجداد طاهرینش محشور فرماید.
ایشان ادیبی فرزانه و مورخی ژرف‌نگر و انسانی والا و با کرامت و در شمار مفاخر علمی این زمان بودند و آثار قلمی با ارزش و ماندگاری از خود به جای گذاشتند. خداوند متعال این مرد مؤمن صادق را مشمول رحمت واسعه‌ی خود گرداند و با اجداد طاهرینش محشور فرماید.
سیّد علی خامنه‌ای
۲۵ دی ۱۳۸۶
۲۵ دی ۱۳۸۶