در پی ارتحال حجت‌الاسلام آقای حسینی شاهرودی نماینده مجلس شورای اسلامی پیام تسلیتی از سوی حضرت آیت‌الله خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی انتشار یافت.
متن پیام بدین شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
انا لله و انا الیه راجعون
درگذشت تأسف‌انگیز خدمتگذار با صفا و فداکار اسلام و مسلمین حجت‌الاسلام آقای حسینی شاهرودی مایه‌ی تأثر و اندوه اینجانب گردید. این روحانی فاصل و پرتلاش عمر کوتاه خود را در سنگرهای حساس دفاع از نظام اسلامی و خدمت به مسلمین و ملت عزیز سپری کرد و همواره عضوی مؤثر و کارآمد از مجموعه‌ی کارگزاران کشور به شمار می‌آمد و شاید به همین جهت هم بود که دشمنان مستکبر از او ناخشنود و نسبت به او حساس و عنود بودند و او بی‌اعتنا به تلاش و ترفند دشمنان زندگی خود را با تلاش و مجاهدت سپری می‌کرد. و سر انجام پس از سفر به کشور آمریکا که برای شرکت در اجلاس بانک جهانی در میان هیئتی از جمهوری اسلامی بدانجا رفته بود و به دنبال برخورد غیرمعمول و بشدت خصومت‌آمیز مأموران آمریکایی با وی و رفتار شبهه‌انگیزی که در مدت چندین ساعت بازداشت غیر قانونی در آن کشور با وی شد، پس از مراجعت به بیماری مهلکی دچار گردید و متأسفانه جان بر سر خدمت گذاشت و سر انجام به لقاءالله پیوست.
اینجانب با تأسف و اندوه، این فقدان تلخ را به حضرت ولی الله الاعظم روحی فداه و به ملت ایران بخصوص مردم عزیز شاهرود و بویژه جامعه‌ی علمی معتبر آن شهرستان و به علما محترم و طلاب شاهرودی در همه جای کشور تسلیت می‌گویم و برای بازماندگان و خانواده داغدار آن مرحوم صبر جزیل و اجر جمیل مسألت می‌نمایم.
سید علی خامنه‌ای
متن پیام بدین شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
انا لله و انا الیه راجعون
درگذشت تأسف‌انگیز خدمتگذار با صفا و فداکار اسلام و مسلمین حجت‌الاسلام آقای حسینی شاهرودی مایه‌ی تأثر و اندوه اینجانب گردید. این روحانی فاصل و پرتلاش عمر کوتاه خود را در سنگرهای حساس دفاع از نظام اسلامی و خدمت به مسلمین و ملت عزیز سپری کرد و همواره عضوی مؤثر و کارآمد از مجموعه‌ی کارگزاران کشور به شمار می‌آمد و شاید به همین جهت هم بود که دشمنان مستکبر از او ناخشنود و نسبت به او حساس و عنود بودند و او بی‌اعتنا به تلاش و ترفند دشمنان زندگی خود را با تلاش و مجاهدت سپری می‌کرد. و سر انجام پس از سفر به کشور آمریکا که برای شرکت در اجلاس بانک جهانی در میان هیئتی از جمهوری اسلامی بدانجا رفته بود و به دنبال برخورد غیرمعمول و بشدت خصومت‌آمیز مأموران آمریکایی با وی و رفتار شبهه‌انگیزی که در مدت چندین ساعت بازداشت غیر قانونی در آن کشور با وی شد، پس از مراجعت به بیماری مهلکی دچار گردید و متأسفانه جان بر سر خدمت گذاشت و سر انجام به لقاءالله پیوست.
اینجانب با تأسف و اندوه، این فقدان تلخ را به حضرت ولی الله الاعظم روحی فداه و به ملت ایران بخصوص مردم عزیز شاهرود و بویژه جامعه‌ی علمی معتبر آن شهرستان و به علما محترم و طلاب شاهرودی در همه جای کشور تسلیت می‌گویم و برای بازماندگان و خانواده داغدار آن مرحوم صبر جزیل و اجر جمیل مسألت می‌نمایم.
سید علی خامنه‌ای