حضرت آیتالله خامنهای رهبر معظم انقلاب اسلامی طی حکمی آیتالله محمد یزدی را برای دوره جدید به عنوان یکی از فقهای شورای نگهبان منصوب کردند. متن حکم معظمله به این شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
بسم الله الرحمن الرحیم
آیت الله آقای حاج شیخ محمد یزدی دامت افاضاته
با عنایت به پایان یافتن دوره ی عضویت جنابعالی در شورای نگهبان براساس اصل نود و یکم قانون اساسی مجدداً جنابعالی را به عضویت آن شورای محترم برای مدّت مقرّر قانونی منصوب می کنم.
توفیقات شما را از خداوند متعال خواستارم.
سیدعلی خامنه ای
24/تیر/1386
24/تیر/1386