در نامه جمعی از دانش‌آموختگان و پژوهشگران حوزه علمیه به محضر رهبر انقلاب، با اشاره به سخنان امام راحل عظیم‌الشأن و تأکیدات اخیر مقام معظم رهبری در مورد تحول نظاممند در حوزه اجتهاد دینی و نواندیشی علمی و نیز آزاداندیشی توأم با اخلاق، آمده است اگر چه در 24 سال اخیر پیشرفتهای مهمی در حوزه و دانشگاه صورت گرفته اما این تحولات کافی نبوده و تنها راه برداشتن موانع از سر راه نظام‌سازی و جامعه‌پردازی، ارتقای کمیت و کیفیت تولید فکر و علم در حوزه و دانشگاه است. در این نامه، سالم‌سازی گفتگوها و تضمین بقای فضای سالم، متعادل و علمی برای بحث و گفتگو، زمینه‌ساز تولید علم و نظریه و ایجاد نهضت نرم‌افزاری توصیف شده و آمده است تنها در این فضاست که تفاوت اصول‌گرایی با تحجر و نواندیشی با بدعت‌گذاری روشن خواهد گشت و با نهادینه شدن آزادیهای فراهم آمده در جمهوری اسلامی و حمایت حکومت از فرهنگ مناظره و اجتهاد و تولید نظریه، جامعه بالنده‌تر و حرکت دینی پیشروتر خواهد شد.
جمعی از فضلای حوزه علمیه در این نامه همچنین پیشنهاد کرده‌اند با یک بسیج عمومی و حمایت «تصمیم‌گیران فرهنگی و متصدیان حوزه و دانشگاه» کرسی‌های آزاد علمی با حضور هیأتهای منصفه علمی و تخصصی تشکیل شود تا با طرح منطقی ایده‌ها، ترویج نظریه‌پردازی و نوآوری روشمند، برگزاری مناظره‌های علمی و نتیجه بخش و نیز نهادسازی برای پاسخ به پرسشهای جدید، جنبش تولید نرم‌افزار دینی و علمی، کرسی‌های آزاد علمی با حضور هیأتهای منصفه علمی و تخصصی در دانشگاه و حوزه ایجاد شود.
حضرت آیت‌الله خامنه‌ای ضمن موافقت با این پیشنهاد، آزادیخواهی و «بیان اندیشه توأم با ادب استفاده از آزادی» را یک مطالبه اسلامی برشمرده و افزوده‌اند: نباید از آزادی ترسید و از مناظره گریخت و نقد و انتقاد را به کالای قاچاق و یا امری تشریفاتی تبدیل کرد، چنانچه نباید به جای مناظره به جدال گرفتار آمد و به جای آزادی به دام هتاکی و مسئولیت‌گریزی لغزید.
رهبر معظم انقلاب اسلامی آزادی «تفکر، قلم و بیان» را از اهداف اصلی انقلاب اسلامی برشمرده و افزوده‌اند: تنها قید آزادی بیان، «منطق و اخلاق و حقوق معنوی و مادی دیگران» است و انقلاب اسلامی آمده است تا این آزادی را به فرهنگ اجتماعی و حکومتی تبدیل کند.
حضرت آیت‌الله خامنه‌ای با برشمردن آثار منفی تلاش عده‌ای سیاست‌زده یا سیاست‌زدا برای تبدیل فضای فرهنگی کشور به سکوت مرداب گونه یا تلاطم گرداب‌وار، این حرکات را زمینه‌ساز خستگی و انزوای خردمندان و صاحبدلان و انفعال و عقب‌گرد جامعه و حکومت خوانده‌اند و افزوده‌اند: برای علاج بیماری‌ها و هتاکی‌ها و مهار هرج و مرج فرهنگی بهترین راه حمایت از آزادی بیان در چارچوب قانون و تولید نظریه در چارچوب اسلام است و بدون فضای انتقادی سالم و بدون آزادی بیان و گفتگوی آزاد، آن هم با «حمایت حکومت اسلامی» و «هدایت علما و صاحبنظران»، تولید علم و اندیشه دینی و در نتیجه تمدن‌سازی و جامعه‌پردازی ناممکن یا بسیار مشکل خواهد بود.
ایشان سه روش پیشنهادی مطرح شده در نامه جمعی از دانش‌آموختگان و پژوهشگران حوزه علمیه در مورد تشکیل کرسی‌های «نظریه‌پردازی، پاسخ به سؤالات و شبهات و نقد و مناظره» را، علمی و معقول ارزیابی کرده و افزوده‌اند: ایده «تولید نظریه و فکر» نباید به برخی قلمروهای فکر دینی یا علوم انسانی و اجتماعی محدود بماند بلکه باید کلیه علوم و رشته‌های نظری و عملی حتی علوم پایه و کاربردی را در برگیرد.
حضرت آیت‌الله خامنه‌ای با اشاره به حمایت همیشگی ایشان از چنین طرحهایی، از شورای مدیریت حوزه علمیه قم خواسته‌اند تا با اطلاع و مساعدت مراجع بزرگوار و محترم و با همکاری و مشارکت استادان و محققان برجسته حوزوی فرصت اجرای این طرح را، فراهم آورد. ایشان از شورای انقلاب فرهنگی و بویژه ریاست این شورا نیز خواسته‌اند که این ایده را در اولویت دستور کار خود قرار دهند تا زمینه رشد کلیه علوم دانشگاهی و آغاز «دوران خلاقیت و تولید» فراهم شود.
رهبر معظم انقلاب اسلامی ابراز امیدواری کرده‌اند مراحل اجرای این ایده، دچار فرسایش اداری نشود و تا پیش از بیست و پنجمین سالگرد انقلاب، نخستین ثمرات مهم آن آشکار شده باشد.