حضرت آیت‌الله خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی در دیدار اعضای شورای عالی حوزه‌های علمیه‌ی سراسر کشور، با اشاره به منزلت و جایگاه این شورا در تربیت روحانیون و علمای تأثیرگذار، بر ضرورت جدی گرفتن تحول در حوزه‌های علمیه و زنده‌کردن ظرفیت‌های درونی آن و ارتقاء سطح اخلاق، فکر و معرفت دینی طلاب تأکید کردند.
رهبر انقلاب اسلامی مبنای اصلی کار در حوزه‌های علمیه را تربیت فقیه خواندند و خاطرنشان کردند: لازم است در کنار توجه به این مبنای اصلی، به آموزش و فراگیری علوم عقلی اعم از فلسفه و کلام نیز اهتمام شود.
ایشان «روح» حاکم بر حوزه‌های علمیه را تربیت علمای وارسته دانستند و در تبیین لوازمِ «صورت و قالبِ» فعالیت‌های حوزه‌های علمیه، بر مواردی همچون پرهیز از تقلید روش‌های مدیریتی دیوان‌سالارانه، گسترش تشکیلات اداری، موازی‌کاری و مدرک‌گرایی تأکید کردند.
رهبر انقلاب تقویت سطح علمی و آموزشی در حوزه‌های علمیه را ضرورتی قابل توجه دانستند و تصریح کردند: لازم است شورای عالی حوزه‌های علمیه در این زمینه برنامه‌ریزی کنند.
پیش از بیانات رهبر معظم انقلاب اسلامی، ابتدا آیت‌الله استادی رئیس شورای عالی حوزه‌ی علمیه و سپس حضرات آقایان مقتدایی، غروی و حسینی بوشهری گزارش‌هایی از اقدامات دوره‌ی گذشته‌ی مدیریت حوزه و نیز مصوبات و سیاست‌گذاری‌های شورای عالی و برنامه‌های مدیریت در دوره‌ی پیش رو را بیان کردند.