در پی رحلت فقیه پرهیزگار مرحوم آیت‌الله آقای حاج میرزا علی‌آقای فلسفی طاب ثراه حضرت آیت‌الله خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی پیام تسلیتی صادر فرمودند. متن این پیام به این شرح است: ...
بسم‌الله الرحمن‌الرحیم
رحلت فقیه پرهیزگار مرحوم مغفور آیت‌الله آقای حاج میرزا علی آقای فلسفی طاب ثراه را به علماء اعلام و فضلاء و طلاب حوزه‌ی علمیه و همه‌ی مردم مؤمن و وفادار مشهد مقدس به خصوص به خانواده‌ی معزّز و فرزندان مکرّم و دیگر بازماندگان و ارادتمندان آن عالم گرانقدر تسلیت عرض می‌کنم و درجات عالیه‌ی اخروی و پاداش خدمات علمی و دینی ایشان در نزد خداوند متعال را مسألت مینمایم.
سیدعلی خامنه‌ای
22/بهمن/1384
بسم‌الله الرحمن‌الرحیم
رحلت فقیه پرهیزگار مرحوم مغفور آیت‌الله آقای حاج میرزا علی آقای فلسفی طاب ثراه را به علماء اعلام و فضلاء و طلاب حوزه‌ی علمیه و همه‌ی مردم مؤمن و وفادار مشهد مقدس به خصوص به خانواده‌ی معزّز و فرزندان مکرّم و دیگر بازماندگان و ارادتمندان آن عالم گرانقدر تسلیت عرض می‌کنم و درجات عالیه‌ی اخروی و پاداش خدمات علمی و دینی ایشان در نزد خداوند متعال را مسألت مینمایم.
سیدعلی خامنه‌ای
22/بهمن/1384